Hội đồng xét xử đã tiến hành xét hỏi các bị cáo để làm rõ các tội danh "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong thi hành công vụ", "Nhận hối lộ", "Đưa hối lộ".
Tại phiên tòa, bị cáo Nguyễn Thị Hồng Nga (nguyên chuyên viên Phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng giáo dục, Sở Giáo dục và Đào tạo Sơn La) khai nhận, bị cáo Trần Xuân Yến (nguyên Phó Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La) đã đưa cho 3 tờ danh sách, trong đó có 1 tờ viết tay. Trong các tờ danh sách này đều có thông tin của thí sinh gồm: Họ tên, số báo danh, mã đề thi, địa điểm thi và số điểm cần nâng.
Trước kỳ thi Trung học Phổ thông quốc gia 2018, bà Nguyễn Thị Hồng Nga được ông Trần Xuân Yến gọi vào phòng trao đổi về việc nâng điểm bài thi trắc nghiệm cho một số con em trong cơ quan và một số người, trong đó có ông Hoàng Tiến Đức (nguyên Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La). Bị cáo Nguyễn Thị Hồng Nga cũng trao đổi với ông Yến về cách thức thực hiện việc nâng điểm đó là cần phải tẩy, tô lại và quét lại trong máy. Muốn làm được, bài thi phải không được niêm phong và có sự giúp đỡ của cán bộ công an làm nhiêm vụ.
Bị cáo Nguyễn Thị Hồng Nga cũng khai nhận, trước và trong thời gian chấm thi đều trực tiếp nhận thông tin nhờ nâng điểm cho 39 thí sinh. Những thí sinh này do Trần Xuân Yến, Trần Văn Điện, Lò Văn Huynh, Nguyễn Thanh Nhàn, Đinh Hải Sơn, Đỗ Khắc Hưng chuyển cho bị cáo. Tất cả các trường hợp không có thỏa thuận, trao đổi về tiền bạc, chỉ riêng trường hợp của Trần Văn Điện đã cảm ơn bị cáo Nguyễn Thị Hồng Nga số tiền hơn 1,04 tỷ đồng cho 4 thí sinh.
Việc rút bài, sửa nâng điểm cho các thí sinh cũng được bị cáo Nga khai nhận. Theo đó, ngày 29, 30/6 và 1/7/2018, Nguyễn Thị Hồng Nga cùng các bị cáo Đặng Hữu Thủy, Cầm Thị Bun Sọn rút bài thi mang về sửa tại nhà Thủy. Để rút được bài, Đỗ Khắc Hưng và Đinh Hải Sơn - những người được giao nhiệm vụ bảo đảm an ninh trật tự khu vực chấm thi đã mở cửa tầng 1, còn chìa khóa phòng chấm Nguyễn Thị Hồng Nga tự mở; chìa khóa do Sơn đưa. Trả lời Hội đồng xét xử và Viện Kiểm sát, bị cáo Nguyễn Thị Hồng Nga khẳng định trong quá trình chấm thi trắc nghiệm nếu không có sự đồng ý của bị cáo Trần Xuân Yến với vai trò tổ trưởng tổ chấm thi trắc nghiệm thì không thể sửa bài thi.
Trái với lời khai của bị cáo Nguyễn Thị Hồng Nga, trả lời trước tòa, bị cáo Trần Xuân Yến cho rằng không nhờ nâng điểm mà chỉ nói bị cáo Nga xem điểm giúp 13 thí sinh mà ông đã nhận thông tin từ ông Hoàng Tiến Đức. Bị cáo Trần Xuân Yến cũng cho rằng không nói với bị cáo Nga về kế hoạch sửa bài nâng điểm thi, không biết việc bà Nga sắp xếp lại các bài thi trong túi đựng bài thi trắc nghiệm. Bị cáo Trần Xuân Yến chỉ thừa nhận có thiếu sót duy nhất trong việc đóng, mở niêm phong túi đựng bài thi. Theo đó, bị cáo chỉ lập một biên bản, trong khi theo quy định phải lập biên bản đóng, mở niêm phong riêng biệt, cho rằng việc này không có mục đích tạo điều kiện cho các bị cáo khác thực hiện hành vi phạm tội.
Đối chất với các bị cáo khác về hành vi câu kết nâng điểm theo lời khai của Nguyễn Thị Hồng Nga, các bị cáo Đặng Hữu Thủy, Cầm Thị Bun Sọn, Lò Văn Huynh, Đỗ Khắc Hưng, Đinh Hải Sơn đều thừa nhận lời khai của bị cáo Nguyễn Thị Hồng Nga là đúng. Riêng bị cáo Nguyễn Thanh Nhàn cho rằng mình không câu kết, không cung cấp khóa phách vòng 1 môn thi tự luận.
Đáng chú ý, trong phần xét hỏi, bị cáo Lò Văn Huynh (nguyên Trưởng Phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng giáo dục, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La) đã phủ nhận cáo trạng quy kết nhận 1 tỷ đồng từ Nguyễn Minh Khoa (nguyên Phó phòng An ninh Chính trị nội bộ, Công an tỉnh Sơn La) để giúp nâng điểm cho 4 thí sinh. Trước đó, tại phiên tòa sơ thẩm diễn ra tháng 10/2019, bị cáo Lò Văn Huynh thừa nhận hành vi nhận hối lộ 1 tỷ đồng do nhận thức chưa đầy đủ.
Về nguồn gốc của số tiền, bị cáo Lò Văn Huynh khai đó là tiền tiết kiệm của gia đình và tiền bán mảnh đất ở quê, không phải là tiền mà bị cáo có được khi thực hiện hành vi phạm tội, nhận từ bị cáo Khoa. Trước khi bị bắt, Lò Văn Huynh đã cho em vợ là Lê Thanh Sơn vay. Bị cáo Lò Văn Huynh cũng mong muốn được trả lại 1 tỷ đồng.
Trả lời Hội đồng xét xử sau đó với vai trò người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan, ông Lê Thanh Sơn cho rằng số tiền 1 tỷ đồng đã nộp cho cơ quan điều tra là vay của bị cáo Lò Văn Huynh. Ông Lê Thanh Sơn cũng mong muốn được cơ quan chức năng trả lại 1 tỷ đồng mà mình đã giao nộp trước đó. Ngày 23/5, phiên tòa tiếp tục phần xét hỏi đối với các bị cáo.