Trước đó vào ngày 6/8, Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh đã tuyên phạt bị cáo Phạm Công Danh 20 năm tù về tội “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng,” tổng hợp hình phạt với bản án đã tuyên ở giai đoạn 1 của vụ án là 30 năm tù. 45 bị cáo còn lại nhận mức án từ thấp nhất là 2 năm tù treo đến cao nhất là 30 năm tù giam.
Hội đồng xét xử còn tuyên thu hồi nhiều khoản tiền để đảm bảo nghĩa vụ dân sự và khắc phục hậu quả vụ án, trong đó có một số nội dung đáng chú ý là: tuyên Ngân hàng CB trả lại cho Phạm Công Danh 4.500 tỷ đồng; tuyên thu hồi từ bị án Hứa Thị Phấn 600 tỷ đồng, từ ông Trần Quý Thanh hơn 194 tỷ đồng, từ Ngân hàng BIDV hơn 1.600 tỷ đồng, từ Ngân hàng Agribank hơn 30 tỷ đồng, từ Ngân hàng Ocenbank hơn 1,9 tỷ đồng và nhiều nguồn khác. Sau bản án sơ thẩm, 14 bị cáo, 6 người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan kháng cáo và Viện Kiểm sát nhân dân cấp cao tại Thành phố Hồ Chí Minh có kháng nghị. Trong quá trình xét xử phúc thẩm, bị cáo Hồ Thị Di và Công ty zcổ phần Quỹ Lộc Việt rút kháng cáo; bị cáo Phan Thành Mai, Nguyễn Quốc Viễn rút một phần kháng cáo.
Tại phiên tòa phúc thẩm, Hội đồng xét xử không chấp nhận kháng cáo của bị cáo Phạm Công Danh về yêu cầu thu hồi thêm các khoản tiền mà bị cáo Danh cho rằng là vật chứng vụ án chưa được thu hồi. Hội đồng xét xử tuyên phạt y án 30 năm tù đối với bị cáo Phạm Công Danh. Hội đồng xét xử cũng không chấp nhận kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt và các vấn đề liên quan khác, tuyên y án đối với 11 bị cáo. Hội đồng xét xử chỉ chấp nhận kháng cáo của hai bị cáo Lê Đài và Trần Hiệp do có tình tiết giảm nhẹ mới mà án sơ thẩm chưa xem xét, cho hai bị cáo được hưởng 3 năm tù treo.
Về kháng nghị của Viện Kiểm sát nhân dân cấp cao đề nghị không thu hồi 4.500 tỷ đồng từ Ngân hàng CB để trả lại và khấu trừ hậu quả cho bị cáo Phạm Công Danh, Hội đồng xét xử nhận định, 4.500 tỷ đồng là số tiền của Phạm Công Danh chuyển vào VNCB để tăng vốn điều lệ nhưng không được Ngân hàng Nhà nước chấp nhận. Đến nay không có tài liệu, chứng cứ nào chứng minh Phạm Công Danh đã sử dụng số tiền này vào mục đích cá nhân. Số tiền này đã hòa vào dòng tiền chung của VNCB và sử dụng cho VNCB. Từ đó, Hội đồng xét xử không chấp nhận kháng cáo của Viện Kiểm sát nhân dân cấp cao về vấn đề này, tuyên giữ nguyên như án sơ thẩm là yêu cầu Ngân hàng CB trả lại 4.500 tỷ cho bị cáo Phạm Công Danh. Ngoài ra, Hội đồng xét xử không chấp nhận về kháng nghị của Viện Kiểm sát không cho hưởng án treo đối với 4 bị cáo Nguyễn Thị Kim Vân, Hồ Thị Đi, Nguyễn Tấn Thành, Nguyễn An Vinh.
Về các kháng cáo của BIDV không đồng ý trả lại cho Ngân hàng CB số tiền hơn 1.600 tỷ đồng, Hội đồng xét xử phúc thẩm chấp nhận và tuyên sửa một phần bản án sơ thẩm liên quan. Hội đồng xét xử nhận định, số tiền hơn 1.600 tỷ đồng này là bị cáo Phạm Công Danh thông qua hai công ty vay của BIDV từ năm 2013. Số tiền này đã tổng hòa chung vào dòng tiền của BIDV những năm 2012, 2013, trước khi vụ án tại VNCB bị khởi tố và hiện không còn lưu lại tại BIDV.
Đồng thời, Hội đồng xét xử cho rằng, hiện BIDV đang hoàn thiện phương án cổ phần hóa với sự tham gia của nhà đầu tư nước ngoài, việc án sơ thẩm tuyên trả lại hơn 1.600 tỷ là không đúng, ảnh hưởng đến quá trình cổ phần hóa gây thiệt hại cho Nhà nước. Mối quan hệ giữa bị cáo Phạm Công Danh, Tập đoàn Thiên Thanh, Ngân hàng CB, Ngân hàng BIDV và những chủ thể có liên quan khác về khoản tiền hơn 1.600 tỷ sẽ được tách ra xử lý ở một vụ án khác nếu các bên có yêu cầu.
Ngoài ra, Hội đồng xét xử không chấp nhận kháng cáo của Ngân hàng CB, Ocenbank, Agribank và ông Trần Quý Thanh không đồng ý thu hồi tiền như bản án sơ thẩm đã tuyên, vì đây những khoản tiền vật chứng cần thu hồi đều nhằm mục đích khắc phục hậu quả vụ án, là có căn cứ và đúng quy định của pháp luật. Các quyết định khác của bản án sơ thẩm không có kháng nghị, kháng cáo đã có hiệu lực pháp luật.