Các cơ quan chức năng cảnh báo gió và mưa lớn có thể quật ngã nhiều cột điện và cuốn trôi nhiều phương tiện khi đổ bộ vào khu vực Amami gồm nhiều đảo nhỏ gần Kyushu.
Theo Cơ quan Khí tượng Nhật Bản, vào lúc 6 giờ sáng 6/9 (giờ Việt Nam), bão Haishen đo được tại đảo Amami Oshima, Đông Bắc Nhật Bản có sức gió 150 km/giờ và giật lên tới 252 km/giờ.
Hiện cơ quan chức năng Nhật Bản đã yêu cầu 4.600 người ở Tarumizu, Kagoshima sơ tán, trong khi người dân ở Kyushu chuẩn bị sơ tán. Giới chức Minamidaitojima cũng đã hướng dẫn 1.300 người sơ tán.
Theo dự báo của giới chức khí tượng Nhật Bản, bão Haishen có nguy cơ trở thành siêu bão, gây mưa lớn kỷ lục và có thể hình thành cột sóng biển có sức mạnh tương đương sóng thần. Do đó, giới chức Nhật Bản khuyến cáo người dân "cảnh giác cao độ" trong ứng phó.
Nhằm giảm thiểu thiệt hại do bão Haishen có thể gây ra, Công ty đường sắt Kyushu thông báo ngừng một số tuyến đường vận tải vào ngày 6/9 và ngừng toàn bộ hoạt động vào ngày 7/9. Hãng sản xuất ô tô Toyota cũng thông báo ngừng hoạt động 3 nhà máy tại Kyushu cho đến tối 7/9, trong khi các công ty như Canon và Mitsubishi Electric thông báo có kế hoạch tương tự. Theo đài truyền hình NHK, do ảnh hưởng của bão, hơn 100 chuyến bay đã phải hủy bỏ trong ngày 5/9.
Trong khi đó, Cơ quan Khảo sát Địa chất Mỹ (USGS) thông báo vào hồi 1h16' ngày 6/9 giờ GMT (tức 8h16' cùng ngày giờ Hà Nội) đã xảy ra một trận động đất có độ lớn 6,4 làm rung chuyển khu vực cách Ovalle, Chile 46 km về phía Tây Bắc. Hiện vẫn chưa có thông tin về mức độ thiệt hại.