Theo cơ quan quản lý tình trạng thảm họa địa phương, vụ việc xảy ra vào rạng sáng 29/5 khi chiếc phà mang tên KM Karya Indah đang trong hành trình từ thành phố Ternate tới cảng Sanana trên đảo Limafatola. Tất cả những người trên phà đã được sơ tán an toàn và đưa tới một hòn đảo gần đó.
Các video do Cơ quan Tìm kiếm và cứu nạn quốc gia của Indonesia công bố cho thấy khói đen dày đặc bốc ra từ chiếc phà, trong khi nhiều người hoảng loạn mặc áo phao và nhảy xuống biển để thoát thân.