Vụ việc xảy ra đúng vào thời điểm người Israel bắt đầu kỳ nghỉ kỷ niệm Ngày Jerusalem trong khi tháng lễ Ramanda của người Hồi giáo chuẩn bị kết thúc.
Những tín đồ Hồi giáo tức giận vì người Do Thái tới thăm đền thờ này. Hãng tin AFP (Pháp) dẫn lời cảnh sát cho biết, người biểu tình đã tập hợp và cố thủ trong đền thờ khi lực lượng này cố gắng giải tán đám đông người biểu tình.
Tổ chức Hồi giáo Waqf chuyên giám sát địa điểm này cho biết cảnh sát đã bắn đạn cao su và xịt hơi cay về phía đám đông. Đụng độ khiến 7 người bị bắt và 45 người bị thương.
Tổ chức này còn cho rằng cảnh sát đã đóng các cửa ra vào của đền thờ và trói người biểu tình lại với nhau. Sau các vụ đụng độ, người phát ngôn cảnh sát Israel Micky Rosenfeld cho biết tình hình đã ổn định trở lại và các chuyến viễng thăm được nối lại.
Người phụ trách đền thờ Al-Asqa Omar al-Kiswani cáo buộc phía Israel vi phạm thỏa thuận không được phép thực hiện các cuộc viếng thăm như vậy trong những ngày cuối của tháng lễ Ramadan. Ông cho biết khoảng 1.200 người Do Thái đã viếng thăm địa danh này trong ngày 2/6, ngày đầu tiên người Do Thái được vào đền Al-Aqsa kể từ hôm 28/5.
Jordan - nước có quyền quản lý đối với đền thờ Al-Aqsa và là một trong hai nước Arab duy nhất ký hiệp ước hòa bình với Israel, đã lên án hành động vi phạm của phía Israel, cho rằng những hành động như vậy có nguy cơ châm ngòi cho bạo lực trong khu vực.
Ngày Jerusalem là ngày kỷ niệm sự kiện Israel chiếm đóng khu vực phía Đông của thành phố này, nơi có chủ yếu người Palestine sinh sống trong cuộc chiến tranh năm 1967. Dịp nghỉ lễ năm nay trùng với những ngày cuối của tháng lễ Ramadan của người Hồi giáo.
Khu thánh đường Al-Asqa nằm ở phía Đông Jerusalem và quyền sở hữu khu này hiện là một trong những vấn đề nhạy cảm trong xung đột Israel-Palestine. Với người theo đạo Hồi, đền thờ này linh thiêng thứ 3 sau Mecca và Medina. Người Do Thái được đến thăm khu vực này nhưng không được cầu nguyện tại đây. Tình trạng căng thẳng thường xuyên diễn ra tại khu vực.