Theo JAL, hệ thống check-in của hãng bắt đầu bị lỗi vào lúc 6h50' và được khắc phục vào lúc 10h (theo giờ địa phương). Sự cố kỹ thuật này đã ảnh hưởng tới hệ thống check-in tự động của hãng tại các sân bay trên toàn Nhật Bản, trong đó có hệ thống sử dụng mã quét ngay để check-in cho các chuyến bay đặt trước và các máy check-in tự động tại các sân bay như sân bay Haneda ở thủ đô Tokyo.
Sự cố này được cho là do lỗi mạng, có thể bắt nguồn từ một trong hai máy chủ không hoạt động trục trặc. Theo các quan chức JAL, họ đã ngắt kết nối của máy chủ gặp trục trặc, từ đó khôi phục lại hoạt động của hệ thống check-in. JAL vẫn đang tìm hiểu nguyên nhân của sự cố.
JAL xác nhận sự cố kỹ thuật này đã khiến 32 chuyến bay nối Tokyo với Fukuoka và Osaka với Sendai bị hủy bỏ, ảnh hưởng tới khoảng 2.500 hành khách và tác động các chuyến bay nội địa khác của hãng.