Hội nghị do Bộ trưởng Ngoại giao Thái Lan Don Pramudwinai và Bộ trưởng Ngoại giao Nhật Bản Taro Kono đồng chủ trì, với sự tham dự của bộ trưởng Ngoại giao các nước Campuchia, Lào, Myanmar và Việt Nam. Phó Thủ tướng, Bộ trưởng Ngoại giao Phạm Bình Minh dẫn đầu đoàn Việt Nam tham dự hội nghị.
Tại hội nghị, các bộ trưởng đánh giá hợp tác Mekong - Nhật Bản đã có những tiến triển, đóng góp hiệu quả vào phát triển và thịnh vượng ở khu vực. Hội nghị đã tập trung trao đổi việc triển khai Chiến lược Tokyo 2018, tổ chức các hoạt động kỷ niệm năm giao lưu Mekong - Nhật Bản, và định hướng hợp tác cho thời gian tới. Các nước Mekong đánh giá cao sự hỗ trợ của Nhật Bản trong thúc đẩy kết nối khu vực, tạo được các hoạt động có bản sắc riêng thông qua triển khai các sáng kiến “Đối tác vì hạ tầng chất lượng cao”, “Thập kỷ hướng tới Mekong xanh”.
Các bộ trưởng nhất trí cần tăng cường hơn nữa hợp tác kết nối, nhấn mạnh tầm quan trọng của phát triển kinh tế phù hợp với bảo vệ môi trường, giảm thiểu thiên tai, gia tăng khả năng thích ứng với biến đổi khí hậu, sử dụng và quản lý bền vững nguồn nước sông Mekong; tăng cường hợp tác với Ủy hội sông Mekong nhằm hiện thực hóa Mekong xanh và “Sáng kiến hợp tác Mekong - Nhật Bản về các mục tiêu phát triển bền vững hướng tới 2030”.
Các bộ trưởng cũng hoan nghênh Nhật Bản và Mỹ có sáng kiến thiết lập “Đối tác năng lượng khu vực Mekong” (JUMPP) nhằm hỗ trợ các nước Mekong phát triển và bảo đảm an ninh năng lượng một cách bền vững. Bên cạnh đó, các bộ trưởng cũng thảo luận về một số vấn đề quốc tế và khu vực như tình hình bán đảo Triều Tiên và Biển Đông. Hội nghị đã thông qua Tuyên bố đồng chủ tịch và nhất trí sẽ tổ chức Hội nghị Bộ trưởng Mekong - Nhật Bản lần thứ 13 tại Nhật Bản trong năm 2020.
Phát biểu tại hội nghị, Phó Thủ tướng, Bộ trưởng Ngoại giao Phạm Bình Minh khẳng định cam kết của Việt Nam phối hợp cùng Nhật Bản và các nước Mekong triển khai thành công Chiến lược Tokyo 2018. Nhằm thiết lập tầm nhìn về một Mekong xanh, kết nối sống động, hiệu quả và lấy con người làm trung tâm, Phó Thủ tướng đề xuất một số nội dung mà hợp tác Mekong - Nhật Bản cần chú trọng trong thời gian tới gồm: hỗ trợ các nước Mekong giải quyết các vấn đề biến đổi khí hậu, môi trường; quản lý và sử dụng bền vững tài nguyên nước sông Mekong; phát triển nông nghiệp thông minh; xây dựng năng lực để thực hiện Chương trình nghị sự 2030 của Liên hợp quốc; cải thiện chất lượng cơ sở hạ tầng để tăng khả năng cạnh tranh, tạo thuận lợi cho thương mại, đầu tư, và môi trường kinh doanh; hỗ trợ các nước Mekong phát triển nguồn nhân lực về công nghiệp, nông nghiệp và kỹ thuật số.