Theo Cơ quan bảo vệ dân sự Hy Lạp, trận động đất xảy ra vào khoảng 13h17 (giờ Việt Nam), các thủ phủ Heraklion của đảo Crete 23km. Theo chuyên gia địa chấn học Efthymis Lekkas, trận động đất xảy ra ngoài dự báo của cơ quan chuyên môn và gây ra những dư chấn có độ lớn 4,5. Động đất khiến nhiều tòa nhà lâu đời đổ sập trong khi người dân ở Heraklion hoảng lọan đổ ra đường khi các tòa nhà rung lắc mạnh. Các trường học cũng nhanh chóng sơ tán học sinh ra khỏi lớp và tập trung tại sân trường hoặc quảng trường thị trấn.
Theo người phát ngôn của Cơ quan bảo vệ dân sự Hy Lạp Spiros Georgiou, nạn nhân thiệt mạng là một người đàn ông tại thị trấn Arkalochori, nơi chịu tác động đặc biệt nghiêm trọng. Các hình ảnh trên kênh truyền hình ERT cho thấy nhiều tòa nhà cũ tại thị trấn này và một số làng xung quanh, gần thủ phủ Heraklion, đã đổ sập. Theo kế hoạch, Bộ trưởng bảo vệ dân sự Christos Stylianides sẽ dẫn đầu đoàn chuyên gia tới khảo sát tình hình thực địa trong chiều cùng ngày.
Hy Lạp nằm trên tầng địa chất có nhiều đoạn đứt gãy nên thường xuyên hứng chịu các trận động đất. Hồi tháng 10/2020, một trận động đất có độ lớn 7 xảy ra trên biển Aegean giứa đảo Samos của Hy Lạp và thành phố Izmir của Thổ Nhĩ Kỳ đã khiến 114 người thiệt mạng và 1.000 người bị thương, chủ yếu ở phía Thổ Nhĩ Kỳ.
Theo hãng tin AP (Mỹ), Thổ Nhĩ Kỳ cũng đã phát cảnh báo sóng thần sau trận động đất mạnh ngày 27/9 tại Hy Lạp.