Tại Kumamoto, các nhân viên cứu hộ vẫn đang phải nỗ lực để tiếp cận được những điểm ngập sâu nằm dọc sông Kuma, nơi nước lũ dâng cao, gây vỡ một số bờ chắn sáng 4/7. Tính đến sáng 5/7, nhà chức trách xác nhận ít nhất 7 người đã thiệt mạng. Ngoài ra có 9 người mất tích.
Người dân tại các khu vực miền Nam tỉnh này, trong đó có cả các thành phố Yatsushiro và Hitoyoshi, vẫn đang bị mắc kẹt sau khi xảy ra lũ quét và lở bùn khiến nhiều con đường và tòa nhà bị cô lập.
Ở ngôi làng Kuma, khoảng 50 người đã được cứu thoát khỏi trung tâm an dưỡng Senjuen bị ngập trong nước lũ. Trước đó, ngày 4/7, nhà chức trách thông báo tìm thấy 14 người "không còn dấu hiệu sự sống" tại khu vực bị chìm sâu trong nước lũ này, nhưng đến nay vẫn chưa có thông báo chính thức là đây nạn nhân thiệt mạng.
Thủ tướng Shinzo Abe cho biết khoảng 10.000 nhân viên cứu hộ thuộc Lực lượng Phòng vệ mặt đất (GSDF) sẽ được huy động để tham gia công tác cứu hộ.
Trước đó, những trận mưa lớn kéo dài trong hai ngày 3 và 4/7 đã trút xuống khu vực miền Nam, khiến Cơ quan Khí tượng Nhật Bản lần đầu tiên nâng cảnh báo mưa lớn ở nhiều nơi trong hai tỉnh trên lên mức cao nhất. Khoảng 203.200 người đã được yêu cầu sơ tán. Theo Công ty điện lực Kyushu, đến sáng 5/7, khoảng 5.880 ngôi nhà tại các tỉnh Kumamoto và Kagoshima vẫn bị mất điện. Công ty đường sắt Kyushu cho biết dịch vụ đường sắt Shinkansen ở hai tỉnh trên đã phải ngừng hoạt động.