Tính đến chiều 6/9, các cơ quan chức năng Nhật Bản đã ra lệnh sơ tán ngay lập tức trên 810.000 cư dân ở các khu vực thuộc 4 tỉnh Tây Nam, gồm các thành phố Goto và Sasebo thuộc tỉnh Nagasaki; làng Kuma và thị trấn Tsunagi ở tỉnh Kumamoto; thành phố Hyuga và các thị trấn Misato, Kadogawa và Kijo ở tỉnh Miyazaki; làng Toshima, làng Mishima, các thành phố Tarumizu, Kanoya, Kagoshima, Nishinoomote, Makurazaki, Satsumasendai và Soo, thị trấn Minamiosumi và thị trấn Kinko ở tỉnh Kagoshima.
Bên cạnh đó, các cơ quan chức năng cũng ra khuyến cáo nhanh chóng sơ tán trên 5,5 triệu người ở 10 tỉnh, đồng thời kêu gọi những người khác duy trì cảnh giác ở mức cao nhất và nhanh chóng sơ tán khi nhận được khuyến cáo.
Trong ngày 6/9, các hãng hàng không ở Nhật Bản đã hủy hơn 500 chuyến bay nội địa, trong đó phần lớn là các chuyến bay đi và đến khu vực Kyushu và đảo Okinawa. Nhiều khả năng sẽ có thêm nhiều chuyến bay bị hủy hoặc bị hoãn trong ngày 7/9.
Các công ty quản lý các tuyến tàu tốc hành tới Kyushu đã tạm ngừng hoạt động một số tuyến trong ngày 6/9 và hủy toàn bộ dịch vụ trong ngày 7/9. Trong khi đó, Công ty Đường sắt Tây Nhật Bản (JR West) dự kiến sẽ dừng hoạt động toàn bộ các tuyến tàu cao tốc Sanyo giữa tỉnh Hiroshima và tỉnh Osaka trong ngày 7/9, đồng thời giảm số lượng tàu chạy giữa ga Shin-Osaka và ga Hiroshima.
Theo Cơ quan Khí tượng Nhật Bản (JMA), vào lúc 17h ngày 6/9, siêu bão Haishen đang ở cách đảo Yakushima ngoài khơi Thái Bình Dương 70 km về phía Tây - Tây Nam. Haishen đang di chuyển về phía Bắc với tốc độ 35 km/giờ. Áp lực khí quyển ở tâm bão vào khoảng 945 hectopascal. Tốc độ gió cao nhất ở khu vực gần tâm bão là 162 km/giờ.
Giới chức Nhật Bản đã cảnh báo khả năng xảy ra mưa lớn kỷ lục, gió mạnh chưa từng có, thủy triều dâng cao và sóng lớn. Mưa lớn không chỉ xảy ra ở những khu vực siêu bão đổ bộ mà có thể còn ở nhiều khu vực khác của Nhật Bản, bao gồm cả những khu vực nằm xa cơn bão. Các khu vực này có thể xảy ra hiện tượng sạt lở đất, nước sông dâng cao và ngập lụt ở các vùng đất thấp.