Ông al-Bashir đã bị quân đội phế truất và bắt giữ hôm 11/4 vừa qua sau làn sóng biểu tình kéo dài từ cuối năm 2018, khi người dân phản đối tình trạng giá lương thực tăng mạnh, đồng thời bất bình với những chính sách kinh tế yếu kém của chính quyền khiến đời sống của người dân khó khăn hơn. Sau khi phế truất Tổng thống al-Bashir, quân đội Sudan đã lập Hội đồng chuyển tiếp để lãnh đạo đất nước trong giai đoạn chờ chuyển giao quyền lực cho một chính phủ dân sự.
Ngoài việc bắt giữ Tổng thống Omar al-Bashir, Hội đồng Quân sự chuyển tiếp cũng bắt giữ 2 trong số 5 anh em của ông Bashir là Abdallah Hassan al-Bashir và Al-Abbas Hassan al-Bashir. Ông al-Bashir đang bị giam giữ tại một nhà tù được bảo vệ nghiêm ngặt ở Khartoum.
Ông al-Bashir, 75 tuổi, lên nắm quyền tại Sudan sau cuộc đảo chính do những người Hồi giáo hậu thuẫn năm 1989. Tòa án hình sự quốc tế (ICC) ở La Hay (Hà Lan) từng phát lệnh bắt giữ đối với ông al-Bashir với cáo buộc phạm tội ác chiến tranh, khiến khoảng 300.000 người thiệt mạng trong cuộc xung đột sắc tộc tại vùng Darfur, miền Tây Sudan, hồi năm 2003.