Theo số liệu cập nhật đến thời điểm này, ít nhất 35 người đã thiệt mạng và gần 20 người mất tích.
Lực lượng Phòng vệ (SDF) đã triển khai 27.000 binh sĩ đến các khu vực bị ảnh hưởng thiên tai, trong đó có Nagano, nơi họ đang nỗ lực cứu 360 người đang bị cô lập sau khi một con đê ở sông Chikuma vỡ. Bộ Đất đai cảnh báo nguy cơ nước lũ có thể lên cao tới 5m. Đê vỡ vào lúc khoảng 3h sáng, khi nhiều người vẫn đang ngủ và dự đoán thiệt hại về người có thể sẽ tăng cao.
Theo Bộ Cơ sở hạ tầng, đến 16h00 ngày 13/10, đê của 21 con sông tại Nhật Bản đã vỡ.
Thành viên Nội các Nhật Bản đã tổ chức một cuộc họp với những người đứng đầu cơ quan ứng phó thiên tai. Tại cuộc họp, Thủ tướng Shinzo Abe cho biết: "Tính mạng người dân cần được đặt lên trên hết. Mọi nỗ lực cần nhằm cứu người dân khỏi các ngôi nhà bị ngập và tìm kiếm những người đang mất tích".
Theo Thủ tướng, khoảng 110.000 sĩ quan cảnh sát, lính cứu hỏa, lực lượng bảo vệ bờ biển và nhân viên SDF đang tham gia các chiến dịch tìm kiếm cứu hộ. Ông cũng cảnh báo người dân về nguy cơ lở đất và nước sông dâng cao.
Theo Bộ Cơ sở hạ tầng, 15 tỉnh thành đã thông báo ít nhất 56 vụ lở đất và lở bùn.
Nhiều khu vực tại Nhật Bản đang bị nhấn chìm trong biển nước. Tại Hakone, một khu nghỉ dưỡng nổi tiếng cách thủ đô Tokyo khoảng 80 km về phía Tây nam, lượng mưa đo được lên tới 922,5 mm trong ngày 12/10, mức cao nhất từ trước tới nay tại Nhật Bản trong vòng 24 giờ.
Trên 6 triệu người sống tại đảo Honshu đã được khuyến cáo sơ tán, các hãng vận tải đường sắt đã ngừng hầu hết hoạt động và các sân bay phải đóng cửa. 376.000 gia đình đang phải chịu cảnh mất điện, 14.000 gia đình thiếu nước sạch.