Sau khi đổ bộ vào Nhật Bản, bão Hagibis đã gây ra mưa lớn và lũ lụt ở nhiều khu vực của Nhật Bản. Đến 3 giờ sáng ngày 13/10, các cơ quan chức năng Nhật Bản đã ra cảnh báo lũ trên 13 sông ở các khu vực Kanto-Koshin và Tohoku. Điều này đồng nghĩa với việc nước sông có thể tràn qua đê và gây ngập lụt nghiêm trọng. Bên cạnh đó, nhà chức trách Nhật Bản cũng ra thông báo về nguy cơ ngập lụt đối với 20 con sông ở các khu vực Kanto-Koshin, Hokuriku và Tohoku. Đáng chú ý, một số con đập ở khu vực này đã phải xả lũ và gây ra tình trạng ngập lụt nghiêm trọng.
Do lo ngại về nguy cơ lũ lụt, đến 7h30 sáng 13/10, chính quyền 14 tỉnh, phố ở Nhật Bản đã ban bố lệnh sơ tán đối với tổng cộng gần 3 triệu người, đồng thời kêu gọi người dân nhanh chóng di chuyển tới nơi an toàn. Các tỉnh, thành này gồm Iwate, Miyagi, Fukushima, Ibaraki, Tochigi, Gunma, Saitama, Chiba, Tokyo, Kanagawa, Niigata, Yamanashi, Nagano, và Shizuoka. Hơn 5 triệu người khác ở các địa phương này cũng đã được khuyến cáo phải sơ tán. Cả lệnh sơ tán và khuyến cáo sơ tán đều được xếp ở cấp độ 4 trên thang cảnh báo thiên tai khẩn cấp 5 độ của Nhật Bản.
Theo Đài truyền hình NHK, các số liệu thống kê ban đầu cho thấy siêu bão Hagibis đã khiến ít nhất 7 người chết, hơn 100 người bị thương và 15 người vẫn còn mất tích. Siêu bão cũng phá hủy hệ thống cung cấp điện, khiến hơn 430.000 hộ gia đình ở thủ đô Tokyo và nhiều khu vực lân cận phải sống trong tình trạng không có điện. Tình trạng mất điện trên diện rộng xảy ra nghiêm trọng ở các tỉnh Kanagawa, Chiba, Ibaraki, Tochigi, Saitama, Yamanashi, Gunma và một phần thủ đô Tokyo. Trong khi đó, theo thống kê của hãng tin Kyodo, có ít nhất 5 người chết, hơn 90 người bị thương và 11 người khác vẫn đang mất tích.
Mặt khác, bão Hagibis đã khiến giao thông ở nhiều khu vực ở Nhật Bản bị tê liệt. Sáng 13/10, các công ty đường sắt ở khu vực Tokyo đã phải tạm ngừng hoạt động các tuyến tàu tốc hành Shinkansen và nhiều tuyến tàu điện nội đô để kiểm tra thiệt hại do siêu bão Hagibis gây ra cũng như độ an toàn của các tuyến đường sắt này trước khi đưa vào vận hành trở lại. Các công ty này cho biết các tuyến đường sắt này có thể ngừng hoạt động trong thời gian dài hơn nếu thiệt hại do siêu bão Hagibis gây ra lớn hơn so với ước tính, đồng thời khuyến cáo hành khách thường xuyên truy cập vào website để cập nhật thông tin về hoạt động của các tuyến đường sắt này.
Trong khi đó, các hãng hàng không ở Nhật Bản đã thông báo hủy hơn 800 chuyến bay trong ngày 13/10. Hãng hàng không All Nippon Airways dự kiến sẽ hủy 289 chuyến bay, trong đó có tất cả các chuyến bay đi và đến sân bay Narita ở tỉnh Chiba và các chuyến bay tới sân bay Haneda ở thủ đô Tokyo. Japan Airlines hủy 284 chuyến bay, trong đó phần lớn là các chuyến bay đến và đi từ các sân bay Haneda và Kansai.
Các hãng hàng không khác cũng phải hủy chuyến gồm Jetstar (62 chuyến), Skymark Airlines (54 chuyến), Solaseed Air (30 chuyến), AIRDO (28 chuyến), Star Flyer (25 chuyến), Peach Aviation (16 chuyến), Fuji Dream Airlines (8 chuyến), Japan Transocean Air (3 chuyến), và AirAsia Japan (2 chuyến). Trước đó, các hãng hàng không đã phải hủy hơn 1.600 chuyến bay nội địa trong ngày 12/10.
Sau khi tàn phá Tokyo và một phần khu vực Đông Bắc Nhật Bản, siêu bão đang di chuyển về phía Thái Bình Dương và dự kiến sẽ suy yếu thành xoáy thuận ngoài nhiệt đới vào chiều 13/10. Đến 7 giờ sáng 13/10, siêu bão Hagibis đang di chuyển ở ngoài khơi thành phố Miyako thuộc tỉnh Iwate, với tốc độ gió là 162 km/giờ.
Trong nỗ lực khắc phục các thiệt hại do siêu bão Hagibis gây ra, các hoạt động cứu trợ đang được tiến hành ở các khu vực miền Trung, phía Đông và Đông Bắc Nhật Bản. Chính quyền thủ đô Tokyo và tỉnh Nagano đã đề nghị Lực lượng Phòng vệ Nhật Bản (SDF) hỗ trợ.
Cũng trong tối 12/10, một trận động đất có độ lớn 5,7 (trên thang đo động đất 7 độ của Nhật Bản) đã làm rung chuyển thủ đô Tokyo và các tỉnh phụ cận. Cơ quan Khí tượng Nhật Bản (JMA) cho biết trận động đất này xảy ra vào lúc 18 giờ 22 phút ngày 12/10 (giờ địa phương) ở độ sâu khoảng 80km, với tâm chấn nằm ở vị trí 34,7 vĩ độ Bắc và 140,7 kinh độ Đông ngoài khơi tỉnh Chiba, và làm rung chuyển thủ đô Tokyo và khu vực miền Trung Nhật Bản.
Trận động đất này xảy ra trong lúc siêu bão Hagibis đang đổ bộ vào khu vực này làm dấy lên các lo ngại về khả năng xảy ra thảm họa kép. Tuy nhiên, cho đến nay vẫn chưa có thông tin chính thức về các thiệt hại do trận động đất này gây ra.