Phiên tòa này được tổ chức sau khi Viện Công tố Tối cao Nhật Bản cho rằng mức án tù chung thân đối với bị cáo Shibuya được đưa ra tại phiên tòa phúc thẩm lần 1 là quá nhẹ. Theo Viện Công tố Tối cao Nhật Bản, bị cáo Shibuya, vốn là Chủ tịch Hội phụ huynh của trường bé Nhật Linh theo học, đáng lẽ ra phải bảo vệ cháu. Tuy nhiên, bị cáo đã có ác ý, lừa gạt và giết hại nạn nhân. Đây là hành vi cực kỳ tàn nhẫn. Do đó, Viện Công tố cho rằng phán quyết chung thân ở phiên tòa phúc thẩm lần 1 với bị cáo là quá nhẹ, cần phải tử hình.
Trước đó, trong phiên xử thứ nhất ngày 26/9/2019, các luật sư bào chữa của bị cáo cho rằng những chứng cứ mà bên cảnh sát thu thập được đều không có căn cứ, sai luật và cần phải hủy bỏ, và rằng bị cáo không có tội. Chính vì vậy, trong phiên xử thứ hai này, Tòa án Cấp cao Tokyo đã nghe báo cáo về kết quả xét nghiệm ADN của nạn nhân và của bị cáo cũng như các chứng cứ thu được tại hiện trường.
Dự kiến các phiên xử tiếp theo của phiên tòa phúc thẩm này sẽ diễn ra vào các ngày 12/2 và 2/3 tới.
Bị cáo Shibuya, 47 tuổi, bị bắt hồi năm 2017 vì bị tình nghi sát hại bé Lê Thị Nhật Linh. Cô bé mất tích ngày 24/3/2017, trên đường đến Trường Tiểu học Mutsumi Daini ở thành phố Matsudo, tỉnh Chiba. Sau 2 ngày, thi thể bé Nhật Linh được tìm thấy tại mương nước cách nhà 10 km. Viện Kiểm sát khẳng định ADN của nạn nhân và bị cáo Shibuya đã tìm thấy trong các vật chứng vụ án là trùng khớp và kết luận bị cáo chính là thủ phạm sát hại bé Nhật Linh.
Tại phiên tòa phúc thẩm lần 1 vào ngày 6/7/2018, Chánh án Tòa án tỉnh Chiba, Nhật Bản, đã tuyên án tù chung thân đối với bị cáo Shibuya vì tội sát hại bé Nhật Linh. Bố của bé Nhật Linh là anh Lê Anh Hào đã không đồng ý với phán quyết này và kháng cáo lên Tòa án Cấp cao Tokyo.