Phát biểu tại hội nghị thượng đỉnh MERCOSUR diễn ra tại Brazil, ông Bolsonaro cho rằng khối này cần đóng vai trò trọng tâm góp phần vào nỗ lực của Brazil để mở cửa nền kinh tế với thương mại quốc tế và cải thiện môi trường kinh doanh cho các doanh nghiệp nước ngoài. Ông cũng đề nghị MERCOSUR xem xét giảm các mức thuế chung đối với bên ngoài, thực thi các biện pháp cải tổ để cho hàng rào thuế quan trở nên linh hoạt hơn.
Tổng thống Bolsonaro khẳng định cần phải thúc đẩy những cải tổ để đem lại sức sống cho MERCOSUR, tránh để khối này vướng vào những tranh cãi không cần thiết và "giậm chân tại chỗ" như trong quá khứ. Ông Bolsonaro cũng bày tỏ hy vọng trong thời gian tới khi Paraguay đảm nhận chức Chủ tịch luân phiên MERCOSUR thì khối này sẽ có những bước đột phá mạnh mẽ hơn.
Sau các cuộc bầu cử gần đây tại một số nước thành viên, bất đồng về tư tưởng trong MERCOSUR càng lộ rõ, đặc biệt giữa 2 thành viên lớn nhất là Brazil và Argentina, đe dọa cản trở tiến trình phê chuẩn FTA lịch sử đạt được với EU hồi tháng 6 vừa qua. Bên cạnh đó, Brazil và Argentina cũng phải đối mặt thách thức thương mại từ bên ngoài khi Tổng thống Mỹ Donald Trump tuyên bố sẽ tái áp thuế đối với thép và nhôm nhập khẩu từ hai nước này. Theo Nhà Trắng, hai nước này đã lợi dụng giá đồng USD tăng cao và giảm giá mạnh đồng nội tệ của họ. Theo ông, việc hai nước giảm giá mạnh nội tệ gây tổn hại tới lợi ích của các nhà sản xuất và người nông dân Mỹ. Brazil và Argentina được cho là "hưởng lợi" nhờ những đòn áp thuế qua lại giữa Mỹ và Trung Quốc khi hai nước Nam Mỹ này tìm cách thay thế các mặt hàng đậu tương và nông sản xuất khẩu khác của Mỹ. Đó là chưa kể, hai nước Nam Mỹ này cũng bùng phát tranh cãi liên quan đến chính sách của MERCOSUR cũng ảnh hưởng đến sự gắn kết của khối thương mại này. Chính phủ theo đường lối cứng rắn của Tổng thống Jair Bolsonaro đã đe dọa rút khỏi MERCOSUR nếu chính quyền mới của Tổng thống đắc cử Argentina Alberto Fernandez quay lại chính sách bảo hộ.
MERCOSUR đã kết thúc quá trình đàm phán và ký kết FTA với EU sau hơn 2 thập kỷ thương lượng với nhiều trắc trở. Tuy nhiên, hiệp định này vẫn còn phải được quốc hội các nước thành viên MERCOSUR và EU phê chuẩn trước khi chính thức có hiệu lực. Hiện văn kiện này đang vấp phải sự phản đối của một số nước EU, cũng như những lo ngại về sự không đồng thuận của chính quyền mới ở Argentina sẽ lên nắm quyền từ ngày 10/12 tới.