Mặc dù chỉ là phần nhỏ trong số 195 điều khoản của dự luật nhằm thành lập một cơ chế xét xử đặc biệt - với những hình phạt được giảm nhẹ cho những người khai nhận phạm tội trong cuộc xung đột vũ trang kéo dài hơn nửa thập kỷ qua tại Colombia - nhưng đây được coi là những điều khoản then chốt khi đề cập tới nghĩa vụ đối với các nạn nhân, thẩm quyền của Cao ủy vì Hòa bình, xét xử hình sự đối với các tội ác chiến tranh và chống loài người, thẩm quyền điều tra của các cơ quan tư pháp thông thường đối với các bị cáo của JEP và việc dẫn độ các bị cáo của JEP ra nước ngoài.
Theo quy định, Quốc hội Colombia sẽ tái thảo luận và biểu quyết các nội dung bị Tổng thống Duque phủ quyết, một tiến trình có thể kéo dài tới 8,9 tháng theo ý kiến của một số chuyên gia và cản trở việc triển khai Thỏa thuận hòa bình 2016.
Tổng thống Duque tuyên bố sẽ tôn trọng ý kiến của nghị viện, song nhiều nhà quan sát bày tỏ quan ngại với tương lai của thỏa thuận hòa bình, khi hiện tại cơ quan kiểm sát tối cao, đảng Bảo thủ và đảng Trung tâm Dân chủ cầm quyền - hiện do cựu tổng thống theo đường lối diều hâu Álvaro Uribe dẫn dắt và chiếm đa số trong Quốc hội, đều phản đối văn bản luật thành lập JEP này.
Năm 2016, sau khi đạt được thỏa thuận hòa bình với chính phủ của Tổng thống Juan Manuel Santos, FARC đã chính thức từ bỏ con đường đấu tranh vũ trang và trở thành một đảng chính trị hợp pháp trong xã hội Colombia.
Năm 2017, Chính phủ Colombia tiếp tục mở ra một tiến trình đàm phán hòa bình khác với nhóm Quân đội Giải phóng Quốc gia (ELN), song kể từ khi ông Duque nhậm chức, tiến trình này đã bị gián đoạn do những yêu sách mới của chính phủ không được phía ELN chấp nhận.