Phát biểu với báo giới, Thủ tướng Mahathir nêu rõ Kuala Lumpur rất thất vọng bởi ngay từ đầu vụ rơi máy bay này đã trở thành vấn đề chính trị về cách thức cáo buộc Nga. Ngay từ trước khi tiến hành điều tra, Nga đã bị đổ lỗi. Theo ông, đây là chuyện "nực cười", Malaysia muốn có bằng chứng song cho đến nay chưa có bằng chứng nào được đưa ra, thay vào đó chỉ có đồn đại.
Trước đó, Bộ Ngoại giao Malaysia ra tuyên bố "đánh giá cao" kết luận của JIT, song nêu rõ Kuala Lumpur vẫn duy trì quan điểm cần đảm bảo tiến trình điều tra minh bạch, hiệu quả và đáng tin cậy và các kết luận phải dựa trên bằng chứng chứ không thể dựa trên động cơ chính trị.
Trong khi đó, Bộ Ngoại giao Nga cũng cho rằng việc JIT cáo buộc 3 công dân Nga bắn rơi máy bay trên là hoàn toàn vô căn cứ. Bộ trên nhấn mạnh mục đích của JIT là nhằm gây tổn hại uy tín của Nga trong cộng đồng quốc tế.
Theo Bộ Ngoại giao Nga, không một bằng chứng cụ thể nào được đưa ra để chứng thực kết luận nói trên, trong khi JIT lại phớt lờ những dữ liệu thông tin mà Moskva cung cấp.
Tuyên bố nhấn mạnh những quan ngại của Nga về tính khách quan của cuộc điều tra là hoàn toàn có cơ sở. Tuy nhiên, Nga khẳng định vẫn sẽ sẵn sàng hỗ trợ công tác điều tra nhằm làm rõ vụ tai nạn máy bay MH17 và đưa những kẻ chủ mưu ra xét xử trước pháp luật.
Trong một cuộc họp báo tại Hà Lan ngày 19/6, JIT thông báo truy tố 3 công dân Nga và 1 công dân Ukraine với cáo buộc bắn rơi máy bay MH17.
JIT nêu tên của 4 nghi can gồm Leonid Kharchenko người Ukraine và 3 người mang quốc tịch Nga là Oleg Pulatov, Igor Girkin và Sergey Dubinsky. Vào thời điểm xảy ra vụ việc, ông Igor Girkin là Bộ trưởng Quốc phòng nước CH Donetsk tự xưng, trong khi ông Sergey Dubinsky đứng đầu cơ quan tình báo quân đội (GRU) của Donetsk và hai nhân vật Kharchenko, Pulatov đều thuộc GRU.
Phiên tòa xét xử 4 nghi can sẽ diễn ra tại một địa điểm được bảo vệ cẩn mật gần sân bay Schiphol ở thủ đô Amsterdam của Hà Lan vào ngày 9/3/2020. Phía Nga trước đó luôn bác bỏ các báo cáo của JIT, cho rằng nhóm điều tra "thiên vị và có động cơ chính trị".
Ngày 17/7/2014, chiếc máy bay Boeing 777 mang số hiệu MH17 đang trên đường từ Amsterdam (Hà Lan) đến Kuala Lumpur (Malaysia) chở theo 298 hành khách và phi hành đoàn đã bị bắn rơi trên bầu trời miền Đông Ukraine. Các nạn nhân thiệt mạng chủ yếu là người Hà Lan.
Một báo cáo của Ủy ban điều tra vụ tai nạn (gồm đại diện của 5 nước Australia, Bỉ, Malaysia, Hà Lan và Ukraine) công bố tháng 9/2016 kết luận rằng máy bay đã bị bắn bởi một tên lửa Buk do Nga sản xuất, từ một khu vực ở Đông Ukraine do lực lượng đòi độc lập kiểm soát.
Nhà chức trách Ukraine và nhiều quốc gia phương Tây cáo buộc Nga và lực lượng đòi độc lập ở miền Đông Ukraine đứng sau vụ việc này. Tuy nhiên, Moskva và những người đứng đầu lực lượng đòi độc lập ở Đông Ukraine bác bỏ mọi cáo buộc, khẳng định máy bay đã trúng một tên lửa bắn đi từ khu vực do quân đội Chính phủ Ukraine kiểm soát.
Ngày 17/9/2018, Bộ Quốc phòng Nga công bố nội dung băng ghi âm trao đổi qua điện thoại giữa giới chỉ huy quân sự Ukraine cho thấy Kiev có liên quan đến vụ bắn rơi chiếc máy bay xấu số trên. Theo đoạn băng, trên địa phận tỉnh Odessa của Ukraine khi lắp đặt trạm định vị vô tuyến “Malakhit” để chuẩn bị cho cuộc tập trận “Rubezh-2016” đã diễn ra đoạn hội thoại về khả năng trạm định vị trên của Ukraine không hoạt động trong khi Ukraine đóng cửa bầu trời. Đoạn thoại có câu kết thúc như sau: “Các cậu này, nếu cứ như vậy chúng ta sẽ có thêm một Boeing Malaysia nữa đó”.
Người phát ngôn Bộ Quốc phòng Nga Igor Konashenkov cho biết các phân tích cho thấy một trong hai người đối thoại là trung tá người Ukraine Ruslan Grinchak. Hiện ông Grinchak đang giữ chức Phó Chỉ huy trưởng lực lượng không quân “Zapad” của Quân đội Ukraine. Năm 2014, ông là lữ đoàn trưởng Lữ đoàn kỹ thuật vô tuyến số 164 của Lực lượng phòng không Ukraine.
Trước đó, Bộ Quốc phòng Nga đã công bố số hiệu quả tên lửa bắn hạ chiếc máy bay MH17, theo đó, quả tên lửa này thuộc về quân đội Ukraine. Quả tên lửa này được chế tạo tại thành phố Dolgoprudnui năm 1986, sau đó được phiên chế cho đơn vị quân đội trên lãnh thổ Ukraine và từ đó không quay trở về nước Nga nữa.