Theo đó, nhóm 6 chuyên gia của Ủy ban An toàn Giao thông Quốc gia Nhật Bản (JTSB) đã đến hiện trường vụ tai nạn tại đường băng sân bay Haneda ở thủ đô Tokyo để tìm kiếm CVR của máy bay Airbus A350 nhằm phục vụ cuộc điều tra nguyên nhân vụ va chạm. Cho đến nay, NTSB mới chỉ thu được thiết bị ghi dữ liệu chuyến bay (FDR) của Airbus A350. Đối với máy bay De Havilland Dash-8, cả 2 thiết bị quan trọng ghi lại dữ liệu hoạt động của máy bay đều đã được tìm thấy.
Cũng trong ngày 5/1, JTSB có kế hoạch thẩm vấn 7 thành viên phi hành đoàn trên máy bay Airbus A350 để làm rõ nguyên nhân vụ việc. Trước đó một ngày, ủy ban này đã thẩm vấn 3 phi công và 2 thành viên khác của phi hành đoàn này.
Các quan chức của Airbus, nhà sản xuất máy bay Airbus A350, cũng đang tiến hành điều tra về vụ việc theo các quy định quốc tế về điều tra hàng không.
Vụ va chạm giữa máy bay Airbus A350 của JAL và máy bay De Havilland Dash-8 của JCG xảy ra ngày 2/1. Tất cả 379 hành khách trên máy bay của JAL đã được sơ tán an toàn trong vòng 18 phút sau khi máy bay hạ cánh và bốc cháy dữ dội. Phi công của máy bay De Havilland Dash-8 cũng thoát hiểm an toàn, nhưng 5 thành viên phi hành đoàn trên máy bay này đã thiệt mạng.
Ngày 3/1, Bộ Đất đai, Hạ tầng, Giao thông và Du lịch Nhật Bản đã công bố dữ liệu thông tin liên lạc giữa các máy bay và kiểm soát không lưu dài khoảng 4 phút 25 giây. Theo đó, không có dấu hiệu nào cho thấy kiểm soát không lưu yêu cầu máy bay của JAL hủy việc hạ cánh. Như vậy, cả các phi công trên máy bay và kiểm soát không lưu đều không biết việc máy bay JCG vào đường băng – nơi máy bay của JAL hạ cánh. Dữ liệu điều khiển chuyến bay cho thấy kiểm soát không lưu đã bật đèn xanh cho phép máy bay của JAL hạ cánh, trong khi chỉ đạo máy bay của JCG tiến tới điểm chờ, ngay trước khi vào đường băng.
Theo các nguồn tin thân cận, máy bay của JCG được cho là đã dừng trên đường băng khoảng 40 giây ngay trước khi xảy ra vụ va chạm. JAL cho biết một trong 3 phi công trên máy bay đã nhìn thấy gì đó trên đường băng ngay trước khi xảy ra vụ va chạm. Tuy nhiên, cơ trưởng máy bay của JCG nói với các điều tra viên rằng ông đã được trạm kiểm soát không lưu cho phép điều khiển máy bay vào đường băng.
Sáng 5/1, các nhân viên ở sân bay Haneda đã bắt đầu dọn dẹp các mảnh vỡ của máy bay tại đường băng nơi xảy ra vụ va chạm.