Theo Kết luận số 29 của Thanh tra tỉnh Phú Yên, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh có nhiều sai phạm trong việc thanh toán kinh phí tiền xăng cho một số cán bộ sở đi công tác ngoại tỉnh không đúng với thực tế; chi công tác ngoài cho việc đánh giá trường đạt chuẩn quốc gia không đúng so với số ngày làm việc; việc chi đầu tư sửa chữa, cải tạo công trình; phân bổ dự toán với khoản hỗ trợ thiếu giáo viên; trích lập quỹ cãi cách tiền lương 40% từ nguồn thu phí công lập không đúng quy định…
Đặc biệt, nhiều sai phạm trong việc mua sắm trang thiết bị dạy học tại Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh được Thanh tra chỉ rõ. Cụ thể, gói thầu cung cấp, lắp đặt phòng học đa phương tiện có kinh phí 30,8 tỷ đồng, được thực hiện theo hình thức đấu thầu rộng rãi, đơn vị trúng thầu là Công ty Cổ phần Thương mại và dịch vụ Việt Star, thị xã Ayunpa, Gia Lai. Kiểm tra hồ sơ gói thầu này, Thanh tra phát hiện Công ty Cổ phần tư vấn và thẩm định giá Đông Nam, Thành phố Hồ Chí Minh thực hiện việc thẩm định giá theo phương pháp so sánh báo giá của 3 doanh nghiệp ở Bình Định làm căn cứ xác định giá thiết bị để thẩm định giá là trái với quy định tại Thông tư 126/2015/TT-BTC ngày 20/8/2015 của Bộ Tài chính. Làm việc với Thanh tra tỉnh Phú Yên, Công ty Cổ phần Thương mại và dịch vụ Việt Star thừa nhận khi thẩm định giá gói thầu này, doanh nghiệp không thu thập thông tin, so sánh giữa mức giá chào bán với giá thị trường thiết bị để có sự điều chỉnh, tìm ra mức giá phù hợp.
Đối với gói thầu cung cấp, lắp đặt thiết bị tin học gồm 421 máy tính bàn có giá gần 3,6 tỷ đồng, Công ty Cổ phần thẩm định giá BTVALUE (Hà Nội) cũng chỉ dựa vào báo giá của 3 doanh nghiệp ở Hà Nội, Thừa Thiên - Huế, Thành phố Hồ Chí Minh làm căn cứ xác định giá thiết bị để thẩm định giá mà không căn cứ vào giá thị trường là trái quy định pháp luật. Doanh nghiệp trúng thầu qua mạng với giá gần 3,6 tỷ đồng là Công ty Cổ phần Đa Minh (Thành phố Hồ Chí Minh). Theo đó, mỗi bộ máy tính có đơn giá 8,475 triệu đồng, trong khi tại văn bản thỏa thuận khung giá ngày 28/5/2020 của Sở Tài chính Phú Yên, máy tính để bàn với cấu hình tương đương máy tính của Công ty Cổ phần Đa Minh nhưng đơn giá mỗi bộ chỉ 7,930 triệu đồng.
Tại hai gói thầu 01TB mua sắm thiết bị dạy học tối thiểu lớp 1, đơn vị trúng thầu qua mạng hơn 17,2 tỷ đồng là liên danh Công ty Cổ phần đầu tư phát triển giáo dục 123 - Công ty Cổ phần Bách Việt - Công ty Cổ phần thiết bị giáo dục, đồ chơi Hà Thành và gói thầu 02TB mua sắm thiết bị dạy học tối thiểu lớp 1, đơn vị trúng thầu hơn 10,5 tỷ đồng là Công ty Sao Việt đều có nhiều dấu hiệu sai phạm từ việc lập hồ sơ mời thầu, đánh giá hồ sơ dự thầu, thẩm định phê duyệt hồ sơ...Tuy vậy, tổ thẩm định của Sở Giáo dục và Đào tạo vẫn đánh giá rằng hồ sơ mời thầu, hồ sơ dự thầu tuân thủ, phù hợp các quy định của pháp luật về đấu thầu để ban hành quyết định phê duyệt hồ sơ mời thầu và kết quả lựa chọn nhà thầu.
Thanh tra tỉnh Phú Yên yêu cầu Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh tổ chức kiểm điểm đối với tập thể, cá nhân có liên quan để xảy ra sai sót trong việc thực hiện gói thầu mua sắm thiết bị dạy học và quản lý sử dụng ngân sách nhà nước; rà soát chấn chỉnh công tác lập quỹ cãi cách tiền lương của các đơn vị trực thuộc Sở, thu hồi nộp ngân sách nhà nước 76 triệu đồng do chi, sử dụng kinh phí không đúng quy định. Đồng thời, Thanh tra tỉnh thực hiện các thủ tục chuyển hồ sơ các gói thầu 1436 và Chương trình 775 sang Công an tỉnh để làm rõ những sai phạm trong đấu thầu và thẩm định giá.