Mục tiêu cụ thể của Đề án là hệ thống cơ quan quản lý chuyên ngành thú y từ trung ương đến địa phương được kiện toàn, củng cố, nâng cao năng lực theo đúng chủ trương của Đảng, quy định của Luật Thú y, các văn bản chỉ đạo của Quốc hội, Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, đảm bảo tinh gọn, hiệu lực, hiệu quả, phù hợp với thực tiễn, nhất là công tác phòng, chống dịch bệnh động vật. Hệ thống tổ chức của Cục Thú y được duy trì theo quy định Điều 6 Luật Thú y, Nghị quyết số 42/NĐ-CP ngày 18/6/2019 của Chính phủ.
Bên cạnh đó, hệ thống giám sát dịch bệnh động vật từ trung ương đến cơ sở được củng cố, tăng cường năng lực, hoạt động có hiệu quả nhằm phát hiện sớm ổ dịch, phân tích dịch tễ, dự báo, cảnh báo kịp thời các loại dịch bệnh động vật; ít nhất 3.000 cơ sở, vùng chăn nuôi, nuôi trồng thủy sản được xây dựng và công nhận an toàn dịch bệnh, an toàn thực phẩm.
Một mục tiêu nữa là hệ thống cơ sở dữ liệu quốc gia về kiểm dịch động vật, hệ thống nhận dạng, truy xuất nguồn gốc động vật, sản phẩm động vật được thiết lập theo quy định. Năng lực quản lý an toàn thực phẩm đối với sản phẩm có nguồn gốc động vật từ trung ương đến địa phương được tăng cường. Tỷ trọng gia súc và gia cầm được giết mổ tập trung công nghiệp đạt tương ứng khoảng 60% và 40% vào năm 2025, khoảng 70% và 50% vào năm 2030; giảm thiểu tối đa số vụ ngộ độc nghiêm trọng do thực phẩm có nguồn gốc động vật.
Thuốc, vaccine thú y được phép lưu hành tại Việt Nam đảm bảo chất lượng, an toàn, hiệu quả; tăng cường công tác quản lý sử dụng và phòng, chống kháng kháng sinh có hiệu quả; vaccine sản xuất trong nước cung ứng ít nhất 80% tổng nhu cầu phòng bệnh cho động vật; sản xuất thuốc, vaccine thú y mỗi năm xuất khẩu đạt 50 triệu USD.
Đề án cũng đề ra mục tiêu thuốc, vaccine thú y, đặc điểm dịch tễ của các loại dịch bệnh nguy hiểm, dịch bệnh lây sang người, giải pháp phòng, chống dịch bệnh, các giải pháp về phòng, chống kháng sinh được nghiên cứu, chuyển giao để phục vụ chỉ đạo sản xuất. Dịch vụ thú y được phát triển theo hướng chuyên nghiệp và xã hội hóa có sự quản lý chặt chẽ của cơ quan quản lý chuyên ngành thú y.
Để đạt được các mục tiêu trên, Đề án đưa ra nhiệm vụ và giải pháp trọng tâm như: Rà soát, hoàn thiện hệ thống văn bản quy phạm pháp luật, cơ chế, chính sách, quy chuẩn và tiêu chuẩn kỹ thuật ngành thú y; kiện toàn, củng cố, nâng cao năng lực hệ thống tổ chức các cơ quan quản lý chuyên ngành thú y các cấp; nâng cao năng lực phòng, chống dịch bệnh động vật...
Đề án ưu tiên triển khai 4 dự án: Tăng cường năng lực quản lý, kiểm soát dịch bệnh động vật, bệnh lây truyền giữa động vật và người; Tăng cường năng lực quản lý, kiểm dịch động vật, kiểm soát giết mổ, kiểm tra vệ sinh thú y và an toàn thực phẩm đối với động vật, sản phẩm động vật; Nâng cao năng lực quản lý, nghiên cứu, sản xuất, kiểm nghiệm, khảo nghiệm thuốc, vaccine thú y đảm bảo chất lượng, an toàn và hiệu quả; Đầu tư, nâng cấp, tăng cường năng lực quản lý, hệ thống các phòng thử nghiệm chẩn đoán, xét nghiệm bệnh động vật, vệ sinh thú y, an toàn thực phẩm.