Theo đó, Ban Chỉ đạo quốc gia về đấu thầu qua mạng (Ban Chỉ đạo) là Tổ chức phối hợp liên ngành có chức năng giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu, chỉ đạo, điều hành, phối hợp giải quyết những công việc quan trọng, liên ngành trong quá trình triển khai thực hiện đấu thầu qua mạng.
Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành trong lĩnh vực đấu thầu qua mạng; giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, điều hòa, phối hợp giữa các bộ, ngành, địa phương, tổng công ty, tập đoàn kinh tế nhà nước giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành trong việc triển khai thực hiện Kế hoạch tổng thể và lộ trình áp dụng đấu thầu qua mạng; giúp Thủ tướng Chính phủ đôn đốc các bộ, ngành có liên quan trong việc thực hiện những vấn đề quan trọng, liên ngành liên quan đến lĩnh vực đấu thầu qua mạng.
Ban Chỉ đạo hoạt động theo nguyên tắc tập thể bàn bạc và Trưởng Ban quyết định trên cơ sở thống nhất giữa các thành viên. Trong trường hợp có ý kiến khác nhau giữa các thành viên, Trưởng Ban quyết định và chịu trách nhiệm trước Thủ tướng Chính phủ về quyết định của mình.
Trưởng ban, Phó Trưởng ban và các thành viên Ban Chỉ đạo làm việc theo chế độ kiêm nhiệm. Phó Trưởng ban và thành viên Ban Chỉ đạo chịu trách nhiệm về tổ chức, phối hợp và triển khai thực hiện công tác đấu thầu qua mạng trong phạm vi cơ quan mình quản lý, theo dõi với sự hỗ trợ của đơn vị làm đầu mối thực hiện các công tác đấu thầu qua mạng tại cơ quan mình. Ý kiến tham gia của các thành viên Ban Chỉ đạo là ý kiến chính thức của cơ quan, tổ chức mà thành viên đó đang công tác.
Ban Chỉ đạo họp định kỳ 6 tháng hoặc đột xuất theo yêu cầu của Thủ tướng Chính phủ hoặc Trưởng ban. Bên cạnh hình thức họp trực tiếp để thảo luận, Ban Chỉ đạo có thể lấy ý kiến tham gia của các thành viên bằng văn bản. Chế độ thông tin, báo cáo theo quy định hiện hành.
Bộ Kế hoạch và Đầu tư làm nhiệm vụ thường trực của Ban Chỉ đạo để chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành, địa phương tổng hợp các thông tin để chuẩn bị cho các cuộc họp Ban Chỉ đạo.