Theo đó, mục tiêu chính của quy hoạch là bảo vệ nguyên vẹn tài nguyên rừng đặc dụng được giao quản lý của Ban quản lý bảo tồn Tây Yên Tử; xây dựng hệ thống cơ sở hạ tầng, kỹ thuật phục vụ công tác nghiên cứu và bảo tồn đa dạng sinh học khu bảo tồn. Bên cạnh đó, thực hiện điều tra, nghiên cứu phân vùng sinh thái và tính đa dạng sinh học trong khu bảo tồn làm cơ sở triển khai các hoạt động giám sát, bảo tồn đa dạng sinh học; triển khai các chương trình, dự án hỗ trợ người dân địa phương phát triển kinh tế - xã hội gắn với nhiệm vụ bảo vệ rừng, bảo vệ đa dạng sinh học trong khu bảo tồn.
Thời gian tới, Bắc Giang còn chú trọng việc bảo vệ nghiêm ngặt toàn bộ diện tích trên 13.300 ha rừng đặc dụng hiện có trên địa bàn (trong đó chủ yếu do Ban quản lý Khu bảo tồn thiên nhiên Tây Yên Tử quản lý với diện tích gần 12.270 ha); không chuyển đổi diện tích rừng đặc dụng sang mục đích khác. Đồng thời, quản lý chặt chẽ các cơ sở sản xuất, kinh doanh dịch vụ trong rừng, không cấp mới hoặc mở rộng khai thác khoáng sản trong rừng đặc dụng.
Theo Chi cục Kiểm lâm Bắc Giang, rừng Bắc Giang được đánh giá có tính đa dạng sinh học cao; động vật có 25 bộ, 61 họ, 154 loài; trong đó, 24 loài nằm trong sách đỏ Việt Nam, 27 loài trong Công ước CITES; thực vật có 1.165 loài; trong đó có 57 loài nằm trong sách đỏ Việt Nam. Tính đa dạng về thành phần loài thực, động vật ở Bắc Giang góp phần quan trọng về sự đa dạng sinh học các loài thực, động vật rừng của Việt Nam.
Thời gian qua, việc bảo tồn thiên nhiên đã được tỉnh Bắc Giang chú trọng, tập trung bảo tồn các loài động, thực vật rừng nguy cấp, quý, hiếm; góp phần bảo tồn hệ sinh thái rừng của vùng Đông Bắc Việt Nam; khai thác, phát huy tiềm năng du lịch sinh thái của địa phương.
Trên địa bàn tỉnh Bắc Giang hiện có 2 khu rừng đặc dụng nằm trong danh mục các khu bảo tồn thuộc Quy hoạch tổng thể bảo tồn đa dạng sinh học của cả nước đến năm 2020, định hướng đến năm 2030 theo Quyết định số 45/QĐ-TTg ngày 08/01/2014 của Thủ tướng Chính phủ là Khu bảo tồn thiên nhiên Tây Yên Tử và Khu rừng bảo vệ cảnh quan Suối Mỡ.
Do đặc điểm của từng khu rừng, Khu rừng bảo vệ cảnh quan Suối Mỡ chủ yếu phục vụ cho bảo tồn di tích lịch sử văn hóa, phát triển du lịch sinh thái. Các hoạt động bảo tồn đa dạng sinh học tập trung chủ yếu ở Khu bảo tồn thiên nhiên Tây Yên Tử.
Khu bảo tồn thiên nhiên Tây Yên Tử nằm ở sườn tây của dãy núi Yên Tử với đỉnh cao nhất là đỉnh núi Yên Tử (cao 1.0 m so với mặt nước biển) chứa đựng tiềm năng đa dạng sinh học cao, đặc trưng cho vùng Đông Bắc Việt Nam. Theo kết quả điều tra sơ bộ của các chuyên gia Trường Đại học Lâm nghiệp, Khu bảo tồn thiên nhiên Tây Yên Tử chứa đựng 1.165 loài thực vật bậc cao có mạch thuộc 677 chi của 187 họ, 6 ngành thực vật, 57 loài thực vật có nguy cơ bị tuyệt chủng; 154 loài động vật thuộc các lớp thú, chim, bò sát, ếch nhái và lưỡng thê thuộc 25 bộ, 61 họ.
Theo đánh giá của các nhà khoa học, Khu bảo tồn thiên nhiên Tây Yên Tử khá đa dạng về nguồn gen động, thực vật; trong đó, có các loài quý hiếm như: tùng la hán, lim xanh, thông hai lá dẹt, ba kích, trầm hương...(thực vật); cu li nhỏ, gấu ngựa, khỉ vàng, gà tiền mặt vàng, rùa vàng, cá cóc sần Việt Nam, ếch Yên Tử...(động vật).
Thời gian qua, tại Khu bảo tồn thiên nhiên Tây Yên Tử đã triển khai nhiều hoạt động bảo vệ và phát triển rừng, quy hoạch bảo tồn đa dạng sinh học như khoán bảo vệ rừng đặc dụng; trồng mới và chăm sóc rừng đặc dụng; cắm mốc ranh giới khu rừng đặc dụng; khoanh nuôi tái sinh có trồng bổ sung cây bản địa (cây lim xanh); hỗ trợ phát triển cộng đồng dân cư vùng đệm; phối hợp thực hiện công tác cứu hộ động vật hoang dã; điều tra, giám sát, đánh giá đa dạng sinh học....