Thiệt hại nặng nhất là thị xã Sông Cầu với 84 nhà dân bị tốc mái (trong đó có 1 nhà bị sập hoàn toàn); 88 dìa nuôi cá múa, tôm thẻ chân trắng, ốc hương bị thiệt hại. 7 phương tiện gồm 5 ghe công suất nhỏ và 2 thúng chai bị sóng đánh chìm.
Tại huyện Đồng Xuân, 10 nhà bị sập và tốc mái, 6 xã bị mất điện. Tuyến đường giao thông ĐT 647 Phú Yên - Gia Lai, tại Km0+200 bị sạt lở đất đá khoảng 400m3, tại Km7+500 có khoảng 1.000 cây xanh bị ngã đổ chắn ngang đường. Tuyến đường Lãnh Vân-Làng Đồng và tuyến Phú Lợi đi Phú Hải bị sạt lở đất đá khoảng 800 m3. Mưa lớn làm bờ kè nhà rông thôn Phú Lợi, xã Phú Mỡ bị sập khoảng 30 m.
Trực tiếp đi kiểm tra công tác khắc phục hậu quả bão số 9 tại thị xã Sông Cầu, Phó Bí thư Tỉnh ủy, Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên Trần Hữu Thế đến thăm hỏi, hỗ trợ các gia đình bị sập nhà, tốc mái do mưa, bão. Lãnh đạo tỉnh yêu cầu chính quyền địa phương khẩn trương huy động phương tiện, lực lượng hỗ trợ người dân khắc phục lại sự cố nhà ở bị sập, tốc mái do bão số 9; sớm rà soát những thiệt hại, hỗ trợ người dân ổn định đời sống, sản xuất sau bão.
Để khắc phục sự cố mất điện, ông Thái Minh Châu, Giám đốc Công ty Điện lực Phú Yên cho biết, đơn vị đã huy động 155 công nhân, cùng nhiều phương tiện tập trung khắc phục các sự cố đổ cột điện tại các địa phương, khôi phục lại 1.464 trạm biến áp, cấp điện lại cho 162.000 khách hàng. Đến 20 giờ 28/10, Phú Yên vẫn còn 15 xã, phường, thị trấn bị mất điện.