Thay vào đó là màu nước đen đục do đủ các loại nước thải sinh hoạt, nước thải làng nghề, rác thải, xác động vật xả xuống dòng sông...
Sông Phan bắt nguồn từ sườn Nam dãy núi Tam Đảo chảy qua 24 xã thuộc các huyện Tam Đảo, Tam Dương, Vĩnh Tường, Vĩnh Yên, Bình Xuyên. Con sông này có vai trò lớn trong cấp thoát nước, ổn định môi trường nhằm duy trì cảnh quan sinh thái cho các địa phương trên địa bàn tỉnh Vĩnh Phúc. Sông Phan cũng là nguồn cung cấp nước cho sông Cà Lồ và có vai trò quan trọng liên quan đến chất lượng nước sông Cầu - nguồn cung cấp nước cho cộng đồng dân cư phía hạ lưu.
Trước đây, sông Phan rộng với chất lượng nước tốt có thể khai thác được rất nhiều loại tôm cá; đồng thời là tuyến giao thông đường thủy quan trọng. Do quá trình đô thị hóa, người dân sống đông đúc ven con sông, xả đủ thứ chất thải xuống, cộng thêm tình trạng xâm lấn sông làm nhà ở và chiếm dụng mặt nước nuôi trồng thủy sản trên diện rộng đã làm sông Phan ô nhiễm nặng.
Báo cáo của cơ quan chức năng tỉnh Vĩnh Phúc cho biết, ước tính bình quân mỗi ngày có gần 20.000m3 nước thải sinh hoạt của hơn 210.000 hộ dân trong lưu vực, 4.000m3 nước thải của các khu và cụm công nghiệp chưa qua xử lý, hơn 21.000m3 nước thải của hàng triệu trâu bò, lợn, gà, vịt và hàng trăm tấn rác thải đổ trực tiếp lấp chặn dòng sông Phan. Huyện Yên Lạc đã có hàng trăm hộ làm nghề liên quan đến kim loại, phi kim loại, hóa chất, sơn... và kinh doanh tháo dỡ xe ủi, ô tô, xe máy, sắt thép vụn, cao su, nhựa, tập trung ở các xã Tề Lỗ, Đồng Văn... Các chất thải, nước thải của nhiều hộ dân làm nghề đã ảnh hưởng trực tiếp đến chất lượng nguồn nước. Tuy nhiên, địa phương chưa có biện pháp xử lý, ngăn chặn hiệu quả.
Sự ô nhiễm của sông Phó Đáy gần đây cũng được nhiều người dân quan tâm. Hạ lưu của sông chảy trên địa bàn tỉnh Vĩnh Phúc ngày càng ô nhiễm do hoạt động kinh tế ven sông ngày càng phát triển.
Ông Bùi Như Ý, Phó Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Vĩnh Phúc cho biết: Cuối tháng 3/2017, hàng trăm bao tải chứa xác lợn được vứt trên dòng sông Phó Đáy. Số xác lợn này được các cơ quan chức năng tỉnh Vĩnh Phúc xác định từ phía thượng nguồn sông theo dòng nước mưa lũ đầu mùa dồn về Vĩnh Phúc bốc mùi hôi thối khiến người dân hai bên bờ sông rất bức xúc, gây ô nhiễm nguồn nước sông trên diện rộng, nguy cơ phát sinh dịch bệnh cho người và vật nuôi nơi đây cao.
Để khắc phục những tồn tại hạn chế, Vĩnh Phúc đã bỏ ra 32 tỷ đồng từ năm 2008 hỗ trợ giảm thiểu ô nhiễm môi trường ở 15 xã khu vực nông thôn và khu vực sông Phan. Vĩnh Phúc có kế hoạch lập bản đồ quy hoạch chi tiết sử dụng đất lưu vực sông Phan; xây dựng cơ sở dữ liệu phục vụ quản lý môi trường lưu vực sông Phan, nghiên cứu xây dựng trạm quan trắc tự động môi trường nước sông này... Đối với sông Phó Đáy, tỉnh đẩy mạnh thông tin tuyên truyền để người dân nâng cao nhận thức, chung tay bảo vệ sông, lập rào chặn rác ở một số điểm, nhánh trên sông để công tác thu gom rác được dễ dàng.
Dư luận cho rằng những vụ việc gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng do cố ý. Tỉnh Vĩnh Phúc cần chỉ đạo các cơ quan chức năng đánh giá tổng thể và điều tra làm rõ; truy tố với các trường hợp cố tình, coi thường pháp luật, hủy hoại môi trường để răn đe, làm gương cho những người khác, tránh tình trạng xả thải này tái diễn...