Tuy nhiên, nhiều nhà vẫn bị ngập, hư hỏng, các tuyến đường liên thôn, xã bị ngập và ách tắc. Với phương châm nước rút đến đâu làm vệ sinh đến đó, lãnh đạo và chính quyền các địa phương của tỉnh Quảng Bình đã chỉ đạo, huy động tối đa lực lượng phối hợp với nhân dân kịp thời khắc phục hậu quả mưa lũ, vệ sinh, tiêu độc khử trùng ngay khi nước rút.
Tại Tân Hóa, huyện Minh Hóa - nơi bị thiệt hại nặng nhất của tỉnh Quảng Bình, nước đã rút được 1,5 m, dự kiến khoảng 2-3 ngày nữa nước mới rút hết. Công tác khắc phục được chính quyền địa phương tích cực triển khai. Chủ tịch UBND huyện Minh Hóa Bùi Anh Tuấn cho biết, huyện đã huy động các đoàn thể cùng với lực lượng thuộc Ban Chỉ huy Quân sự các huyện tham gia dọn dẹp nhà, giúp trường học, cơ quan, trạm y tế... vệ sinh môi trường.
Tại các xã, đoàn viên thanh niên cùng với người dân chủ động làm vệ sinh nhà, lớp học theo phương châm nước xuống đến đâu làm vệ sinh đến đó. Huyện phấn đấu thứ 2 tuần tới tất cả các trường sẽ tổ chức khai giảng. Hội Chữ thập đỏ tỉnh Quảng Bình đã cấp phát thuốc khử khuẩn nguồn nước cho các hộ dân, tránh phát sinh các bệnh dịch có thể xảy ra.
Tuyến Quốc lộ 12 A có nhiều vị trí nguy hiểm, có thể sạt lở toàn bộ nền đường. Nhiều tuyến đường khác trên địa bàn tỉnh Quảng Bình bị hư hỏng nặng, một số tuyến sạt lở đã gây ách tắc giao thông. Quốc lộ 9 B có các vị trí sạt lở lớn tại Km52+500, Km53, Km81+500 với khối lượng hơn 7.700 m3 đất đá. Quốc lộ 15, 9 C, 9 E, 12 A xuất hiện nhiều điểm sạt lở với khối lượng đất đá lên đến hàng nghìn m3.
Ông Hoàng Đăng Cương, Phó Giám đốc Sở Giao thông Vận tải Quảng Bình cho biết, công tác thống kê thiệt hại do mưa lũ đang được thực hiện. Trước tình hình sạt lở trên nhiều tuyến quốc lộ, tỉnh lộ, Sở đã chỉ đạo các đơn vị quản lý đường bộ chủ động huy động máy móc, phương tiện khắc phục, đảm bảo thông tuyến. Đối với những vị trí có nguy cơ sạt cao, ngành chức năng phải đặt biển cảnh báo; nếu cần sẽ bố trí người trực gác, tránh trường hợp đáng tiếc có thể xảy ra.
Để sớm trở lại dạy và học bình thường, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Quảng Bình đã động viên các trường tập trung khắc phục hậu quả mưa lũ với tinh thần nước rút đến đâu làm vệ sinh trường lớp đến đó. Toàn tỉnh có gần 240 trường với hơn 90.000 học sinh chưa tổ chức khai giảng; khoảng 200 phòng học, 10 phòng nội trú của giáo viên bị ngập sâu, hư hại; tường rào, nhà vệ sinh của một số trường học bị sập; trang thiết bị dạy học bị hư hỏng do ngập nước.
Ngành Y tế Quảng Bình tích cực phối hợp với các ban ngành, đoàn thể, tổ chức xã hội đẩy mạnh tuyên truyền, vận động hỗ trợ nhân dân làm tốt công tác vệ sinh phòng bệnh, vệ sinh môi trường, đảm bảo nguồn nước sạch; tích cực phòng chống các bệnh dịch có thể xảy ra như sốt xuất huyết, tiêu chảy cấp, bệnh ngoài da, đau mắt đỏ... Các cơ sở Y tế chủ động, nhanh chóng ổn định lại cơ sở vật chất và trang thiết bị để phục vụ công tác khám chữa bệnh đảm bảo sức khỏe nhân dân trong vùng bị ngập lũ.
Đến 7 giờ ngày 6/9, mực nước trên các sông trên địa bàn tỉnh đã xuống mức báo động I, dưới báo động I và đang rút chậm. Mưa lũ đã làm 1 người chết, 1 người mất tích và 10 người bị thương. Hơn 9.000 nhà dân bị ngập. Nhiều diện tích lúa, hoa màu bị hư hại.