Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành và cơ quan liên quan tổ chức thẩm định báo cáo nghiên cứu khả thi dự án theo quy định, báo cáo Thủ tướng Chính phủ đảm bảo kịp tiến độ Chính phủ trình Quốc hội tại kỳ họp thứ 4, Quốc hội khóa XIV theo quy định.
Các bộ, ngành có liên quan căn cứ chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn theo quy định, có trách nhiệm phối hợp chặt chẽ với UBND tỉnh Đồng Nai để xây dựng và sớm hoàn thiện các nội dung của báo cáo nghiên cứu khả thi dự án.
Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính, Bộ Giao thông vận tải và các cơ quan liên quan cân đối, bố trí nguồn vốn chuẩn bị đầu tư cho dự án; trước mắt, phân khai nguồn vốn 5.000 tỷ đồng đã được Quốc hội thông qua và giao UBND tỉnh Đồng Nai tổ chức quản lý, sử dụng theo quy định của pháp luật.
Về việc lựa chọn tư vấn lập báo cáo nghiên cứu khả thi dự án, Thủ tướng Chính phủ đồng ý áp dụng hình thức lựa chọn nhà thầu trong trường hợp đặc biệt theo quy định tại Điều 26 Luật Đấu thầu năm 2013 để thực hiện các gói thầu tư vấn lập báo cáo nghiên cứu khả thi dự án. UBND tỉnh Đồng Nai hoàn thiện phương án và tổ chức lựa chọn nhà thầu trong trường hợp đặc biệt này theo quy định và tự chịu trách nhiệm về quyết định của mình.Bộ Xây dựng tổ chức hướng dẫn UBND tỉnh Đồng Nai thực hiện việc thẩm định, phê duyệt các khu tái định cư của dự án theo quy định của pháp luật.
Thủ tướng Chính phủ yêu cầu Bộ Tài nguyên và Môi trường khẩn trương tổ chức thẩm định Khung chính sách về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư Dự án cảng hàng không quốc tế Long Thành đã được Thủ tướng Chính phủ giao tại văn bản số 2307/TTg-CN ngày 26/12/2016, báo cáo Thủ tướng Chính phủ trước ngày 15/8/2017.
UBND tỉnh Đồng Nai chủ động làm việc, thống nhất với Bộ Xây dựng, Bộ Tài nguyên và Môi trường về quy hoạch vùng phụ cận Cảng hàng không quốc tế Long Thành, báo cáo Thủ tướng Chính phủ những vấn đề vượt thẩm quyền.