Theo Chương trình trên, mục tiêu đến năm 2030 là tối thiểu 50% diện tích vùng biển và hải đảo Việt Nam được khảo sát, điều tra, phân tích, đánh giá về tài nguyên, môi trường biển và hải đảo ở tỉ lệ 1:500.000 và điều tra ở tỷ lệ lớn đối với một số khu vực trọng điểm.
Giai đoạn 2020-2025, một trong các nhiệm vụ của Chương trình là điều tra tổng hợp điều kiện tự nhiên, kinh tế-xã hội, văn minh sinh thái biển nhằm có được các số liệu, dữ liệu về khí tượng, hải văn, môi trường, động đất, sóng thần... phục vụ quy hoạch, khai thác, sử dụng bền vững tài nguyên biển; xây dựng, thiết kế các công trình trên biển, đánh giá các tác động của yếu tố tự nhiên tới các công trình biển, quá trình xâm nhập mặn, suy thoái môi trường biển, phát triển bền vững kinh tế biển, bảo vệ quốc phòng, an ninh trên biển, ứng phó với biến đổi khí hậu, nước biển dâng.
Cùng với đó, Chương trình đo đạc, thành lập, hệ thống hóa bản đồ địa hình đáy biển tỷ lệ lớn 1:10.000 một số khu vực trọng điểm, tỉ lệ trung bình 1:50.000 vùng biển ven bờ và tỉ lệ nhỏ 1:250.000, 1:500.000 trên toàn bộ vùng biển Việt Nam; điều tra tổng thể đa dạng sinh học và nguồn lợi hải sản ở tỉ lệ nhỏ vùng biển sâu, điều tra chi tiết tại các bãi cạn, gò đồi ngầm; tiến hành điều tra định kỳ nguồn lợi hải sản và môi trường sống của loài hải sản, các loại tài nguyên và các yếu tố môi trường có tính biến động theo quy định pháp luật; điều tra cơ bản kết hợp với nghiên cứu khoa học đánh giá tiềm năng tài nguyên vị thế, năng lượng gió, năng lượng mặt trời, năng lượng sóng, thủy triều, sinh dược học biển và các nguồn tài nguyên khác;...
Giai đoạn 2026-2030, Chương trình điều tra cơ bản kết hợp với nghiên cứu khoa học biển, phát huy vai trò của khoa học và công nghệ trong việc thúc đẩy, nâng cao chất lượng và hiệu quả công tác điều tra cơ bản tài nguyên và môi trường biển và hải đảo về quy luật phân bố và nguồn gốc thành tạo các khoáng sản biển (khí hydrate, sa khoáng,...), cổ khí hậu, cổ đại dương, chế độ thủy thạch động lực, ảnh hưởng của biến đổi khí hậu, ô nhiễm môi trường tới các hệ sinh thái,...
Đồng thời, Chương trình tiếp tục điều tra đánh giá định kỳ một số yếu tố tự nhiên, tài nguyên có tính biến động cao như: hải dương học, khí tượng thủy văn, tài nguyên sinh vật, hệ sinh thái, môi trường biển và hải đảo; điều tra, đánh giá chi tiết tiềm năng, trữ lượng một số tài nguyên, khoáng sản biển, các loại tài nguyên mới phục vụ việc khai thác và sử dụng bền vững các loại tài nguyên biển; tăng cường hợp tác quốc tế trong điều tra, nghiên cứu những vấn đề mang tính khu vực và quốc tế như: ứng phó biến đổi khí hậu, nước biển dâng, rác thải xuyên biên giới, cảnh báo động đất, sóng thần, ô nhiễm, suy thoái môi trường biển, cổ khí hậu, cổ đại dương, chuỗi, lưới thức ăn, ăn mòn khí quyển và nước mặn đối với các công trình trên biển và ven biển.