Cũng theo ông Phan Duy Lai, ngày 30/7/2018, CIMP Cửu Long đã có văn bản số 1910/CIPM– TCKT gửi Ngân hàng BIDV - Chi nhánh Thành Đô tịch thu toàn bộ giá trị bảo đảm thực hiện hợp đồng (100,2 tỷ đồng) tại thư bảo lãnh số 474/TBL - BIDV.TĐ do Ngân hàng BIDV - Chi nhánh Thành Đô cấp ngày 24/12/2013 để thi hành việc nộp phạt chậm thanh toán Hợp đồng 4746/CIPM - HĐ thay cho Công ty Yên Khánh.
Số tiền còn lại là 164,5 tỷ đồng được thực hiện theo hai phương án. Thứ nhất, Công ty Yên Khánh tự nguyên giao nộp tiền thu phí hàng ngày, chậm nhất từ ngày 1/9/2018, chuyển tiền thu phí hàng ngày tại các trạm thu phí cao tốc TP Hồ Chí Minh - Trung Lương cho CIMP Cửu Long để nộp vào ngân sách nhà nước .
Tổng Cục Đường bộ Việt Nam và CIMP Cửu Long sẽ giám sát việc thu phí hàng ngày của Công ty Yên Khánh tại các trạm thu phí. Số tiền hàng ngày và thời gian thu tiền để đảm bảo thu hồi đủ số tiền phạt còn lại.
Thứ hai, cơ quan nhà nước thẩm quyền cưỡng chế thi hành ngay từ ngày 1/9/2018, Bộ Giao thông Vận tải thu hồi quyền thu phí đường cao tốc TP Hồ Chí Minh - Trung Lương giao cho CIMP Cửu Long để thu phí nộp vào ngân sách nhà nước.
Cao tốc TP Hồ Chí Minh - Trung Lương (giai đoạn 1) được Bộ Giao thông Vận tải phối hợp với Bộ Tài chính và Bộ Tư pháp tổ chức bán đấu giá quyền thu phí 5 năm (từ ngày 1/1/2014 đến ngày 31/12/2018) để hoàn vốn ngân sách nhà nước. Công ty Yên Khánh là nhà đầu tư đã trúng đấu giá quyền thu phí 5 năm của dự án này.
Đề cập vấn đề này, đại diện Công ty Yên Khánh cho hay, “Sau khi ký kết hợp đồng, Công ty đã hoàn thành đầy đủ nghĩa vụ theo các điều khoản cam kết trong hợp đồng”.
Vì vậy, việc CIMP Cửu Long cho rằng Công ty Yên Khánh chưa nộp khoản tiền phạt để ban hành văn bản gửi BIDV Chi nhánh Thành Đô thanh toán khoản tiền bảo lãnh thực hiện Hợp đồng 4746 là không có căn cứ.
Cũng theo đại diện Công ty Yên Khánh, sở dĩ Công ty chưa thực hiện việc trả số tiền phạt do chậm thanh toán vì Hợp đồng 4746 ký với Bộ Giao thông Vận tải là hợp đồng trọn gói nên Công ty không phải thanh toán thêm bất kỳ chi phí nào khác.
Tuy nhiên, từ năm 2017 phát sinh việc tính thuế giá trị gia tăng (VAT) phải nộp tại Cục thuế tỉnh Long An. Đây không phải là trách nhiệm của Công ty Yên Khánh mà là trách nhiệm nộp của CIMP Cửu Long và CIMP Cửu Long cũng đã yêu cầu Công ty Yên Khánh nộp thay khoản tiền này vào Cục thuế tỉnh Long An.
Mặc dù vậy, đến nay CIMP Cửu Long vẫn chưa thực hiện việc hoàn trả lại cho Công ty Yên Khánh số tiền thuế giá trị gia tăng từ ngày 1/1/2017 đến ngày 31/12/2018 (dự tính khoảng 121 tỷ đồng). Tính đến hết tháng 7/2018, Công ty Yên Khánh đã ứng trước số tiền 77,729 tỷ đồng để nộp thuế giá trị giá tăng.
“Đối với khoản phạt do chậm tranh toán mà CIMP Cửu Long yêu cầu Công ty Yên Khánh phải nộp, các bên liên quan đã họp và thống nhất xin ý kiến Bộ Tư Pháp về vấn đề hợp đồng, Công ty Yên Khánh đang chờ ý kiến cuối cùng của Bộ Tư pháp, chứ không cố ý dây dưa nộp tiền phạt chậm thanh toán”, đại diện Công ty Yên Khánh trình bày.
Theo Thông báo số 244/TB-TCĐGVN ngày 3/8/2018, Kết luận của Tổng cục trưởng Tổng cục Đường Bộ Việt Nam Nguyễn Văn Huyện trong cuộc họp về thu hồi số tiền phạt theo Hợp đồng bán quyền thu phí cao tốc TP Hồ Chí Minh - Trung Lương cũng đã yêu cầu: “Việc xác định số tiền phạt do chậm nộp tiền theo hợp đồng bán quyền thu phí cao tốc TP Hồ Chí Minh - Trung Lương, đề nghị CIMP Cửu Long phối hợp với Công ty Yên Khánh tính toán chính xác theo các điều khoản quy định tại hợp đồng 4746”.
Ngoài ra, Công ty Yên Khánh cũng cho hay, trong năm 2014, việc triển khai thi công lắp đặt một số công tình thuộc dự án giao thông thông minh (ITS) đường cao tốc TP Hồ Chí Minh - Trung Lương ảnh hưởng đến lưu lượng xe lưu thông trên tuyến đường này, quá đó làm ảnh hưởng đến doanh thu thu phí của Yên Khánh. Tuy nhiên, đến nay Bộ Giao thông Vận tải cũng chưa hoàn trả số tiền hơn 2,3 tỷ đồng đền bù thiệt hại này cho Công ty.
Đại diện Công ty Yên Khánh cho rằng “tối hậu thư” của CIMP Cửu Long về việc thu bảo lãnh, cưỡng chế thu quyền thu phí là không đúng quy định hợp đồng sẽ dẫn đến xáo trộn và gây mất trật tự an ninh, ảnh hưởng đến gần 300 lao động đang làm việc tại các trạm thu phí. Để bảo vệ quyền lợi hợp pháp của minh, Công ty Yên Khánh buộc phải khởi kiện ra Tòa án để giải quyết.
Liên quan đến nghĩa vụ Nhà nước phải trả cho Công ty Yên Khánh số tiền 115,288 tỷ đồng, Bộ Giao thông Vận tải đã có văn bản số 7242/BGTVT-TC báo cáo Thủ tướng Chính phủ. Theo đó, Bộ Giao thông Vận tải đề xuất, phương án 1 cho phép bù trừ số tiền ngân sách nhà nước phải hoàn trả cho Công ty Yên Khánh (tiền hoàn thuế giá trị gia tăng và đền bù thiệt hại do thi công hệ thống ITS). Công ty Yên Khánh phải nộp số tiền phạt chậm thanh toán còn lại sau khi bù trừ.
Phương án 2, Bộ Giao thông Vận tải đề xuất, Công ty Yên Khánh phải thực hiện nộp ngân sách nhà nước đủ số tiền chậm thanh toán. Đồng thời, kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư cân đối bố trí dự toán chi ngân sách năm 2018 cho Bộ Giao thông Vận tải để trả tiền thuế giá trị gia tăng và đền bù thiệt hại do thi công hệ thông ITS (tổng cộng khoảng hơn 115 tỷ đồng).
Cao tốc TP Hồ Chí Minh - Trung Lương dài 62 km gồm 6 làn xe, được thiết kế với vận tốc 120 km/giờ, kinh phí xây dựng hơn 9.000 tỷ đồng. Tuyến cao tốc đầu tiên dành cho ô tô được thông xe ngày 3/2/2010 giúp rút ngắn thời gian từ TP Hồ Chí Minh - Tiền Giang chỉ còn 30 phút, thay vì 90 phút như trước đây.