Theo đó, Kiểm toán Nhà nước cho rằng, tại Dự án 4 tuyến đường chính có tổng mức đầu tư được phê duyệt là 12.182 tỷ đồng vào thời điểm nhà đầu tư trình duyệt tổng mức đầu tư, Sở Xây dựng Thành phố Hồ Chí Minh chưa ban hành chỉ số giá xây dựng của năm 2012 nên chi phí trượt giá trong tổng mức đầu tư được tính theo chỉ số giá bình quân từ năm 2007 đến năm 2011.
Đến thời điểm phê duyệt tổng mức đầu tư, Sở Xây dựng Thành phố đã ban hành chỉ số giá năm 2012 nhưng không kịp thời cập nhật để tính lại chi phí dự phòng trượt giá làm tăng 350,91 tỷ đồng.
Tuy nhiên, khoản chi phí dự phòng trượt giá 1.805 tỷ đồng trong tổng mức đầu tư được loại trừ ngay trong tổng vốn đầu tư của hợp đồng BT do cơ chế thanh toán đồng thời, được Thủ tướng Chính phủ chấp thuận, Bộ Tài chính hướng dẫn nên không ảnh hưởng đến việc cân đối thanh toán khi ký hợp đồng BT và giá trị quyết toán dự án BT hoàn thành.
Tại Dự án cầu Thủ Thiêm 2, tổng mức đầu tư được phê duyệt là 4.260 tỷ đồng. Theo Kiểm toán Nhà nước, vào thời điểm lập tổng mức đầu tư, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 182/NĐ-CP ngày 31/12/2013, Bộ Xây dựng có văn bản đề nghị các địa phương thực hiện việc xác định chi phí tiền lương nhân công phục vụ việc lập và quản lý chi phí đầu tư xây dựng công trình.
Khi thực hiện, Dự án không sử dụng các khoản chi phí dự phòng trượt giá là 249,4 tỷ đồng do cơ chế thanh toán, đồng thời theo văn bản số 127/TTg-KTN của Thủ tướng Chính phủ nên sẽ được giảm trừ khi các bên quyết toán dự án hoàn thành. Về khoản tiền này, trong Kết luận số 1037/KL-TTCP ngày 26/6/2019, Thanh tra Chính phủ kiến nghị giảm tổng mức đầu tư xuống 1.519 tỷ đồng; trong đó chi phí dự phòng do chênh lệch mức lương là 634,9 tỷ đồng.
Về vấn đề bản vẽ thi công, tại Dự án cầu Thủ Thiêm 2, theo Kiểm toán Nhà nước, thiết kế cơ sở Dự án chưa được điểu chỉnh, áp dụng định mức, đơn giá chưa phù hợp, xác định khối lượng chưa chính xác qua kiểm toán giảm 25,56 tỷ đồng, chưa cung cấp được hồ sơ của giá trị 11,9 tỷ đồng. Tại Dự án xây dựng 4 tuyến đường chính, hồ sơ thiết kế bản vẽ thi công, dự toán một số hạng mục đến nay chưa được phê duyệt. Qua kiểm tra, giá trị không thực hiện của các gói thầu là 254,9 tỷ đồng.
Về tiến độ dự án, đến tháng 6/2020, Dự án cầu Thủ Thiêm 2 vẫn chưa hoàn tất việc bồi thường giải phóng mặt bằng, đến nay tiến độ chậm so với tiến độ tại quyết định và hợp đồng BT (hoàn thành năm 2018). Đến tháng 7/2020, UBND Thành phố Hồ Chí Minh gia hạn thời gian hoàn thành để làm cơ sở cho việc điều chỉnh thời gian thực hiện Dự án và ký phụ lục hợp đồng BT theo quy định.
Tương tự, tại Dự án xây dựng 4 tuyến đường chính, đến tháng 6/2020, Dự án bị chậm tiến độ 27 tháng so với tiến độ tại quyết định đầu tư và cam kết tại phụ lục hợp đồng BT. UBND Thành phố đã gia hạn thời gian hoàn thành công trình để làm cơ sở cho việc điều chỉnh thời gian thực hiện dự án và ký phụ lục hợp đồng BT theo quy định.
Làm rõ trách nhiệm của cơ quan quản lý nhà nước, tại Dự án cầu Thủ Thiêm 2, Kiểm toán Nhà nước cho rằng, cơ quan chức năng của Thành phố đã chậm hoàn cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất khi nhà đầu tư đã hoàn thành nghĩa vụ tài chính theo cam kết của hợp đồng BT; khối lượng hoàn thành của Dự án đạt hơn 60% giá trị hợp đồng nhưng chưa được các bên có liên quan hoàn thiện thủ tục xác nhận.
Đối với Dự án 4 tuyến đường chính, đến thời điểm kết thúc kiểm toán (tháng 6/2020), Sở Giao thông Vận tải Thành phố vẫn chưa hoàn thiện thẩm định thiết kế cơ sở hạng mục cầu cạn tuyến R1 đoạn qua Quảng trường Trung tâm; bàn giao mặt bằng diễn ra chậm. Đơn vị tư vấn giám sát Nhà nước chưa kịp thời đôn đốc nhà đầu tư hoàn thiện hồ sơ khối lượng hoàn thành, trình các bên có liên quan thực hiện thủ tục xác nhận giá trị hoàn thành.
Từ kết quả kiểm toán nêu trên, Kiểm toán Nhà nước kiến nghị UBND Thành phố Hồ Chí Minh chỉ đạo Công ty Cổ phần Đầu tư địa ốc Đại Quang Minh giảm thanh toán chi phí các gói thầu là 3,8 tỷ đồng, giảm giá trị hợp đồng còn lại của các gói thầu là 4 tỷ đồng tại Dự án cầu Thủ Thiêm 2; giảm thanh toán chi phí các gói thầu 17,5 tỷ đồng, giảm giá trị hợp đồng còn lại của các gói thầu 1,64 tỷ đồng tại Dự án xây dựng 4 tuyến đường chính.
Kiểm toán Nhà nước cũng kiến nghị UBND Thành phố Hồ Chí Minh chỉ đạo Sở Kế hoạch và Đầu tư Thành phố hoàn thiện phụ lục hợp đồng BT của Dự án cầu Thủ Thiêm 2 và Dự án xây dựng 4 tuyến đường chính để trình UBND Thành phố phê duyệt, làm cơ sở ký kết phụ lục hợp đồng điều chỉnh thời gian thực hiện dự án.
UBND Thành phố chỉ đạo các đơn vị liên quan trong đó có chủ đầu tư hoàn thiện thủ tục để thanh toán 11,9 tỷ đồng và điều chỉnh giảm giá trị dự toán các gói thầu là 25,6 tỷ đồng tại Dự án cầu Thủ Thiêm 2.
Tại Dự án xây dựng 4 tuyến đường chính, Kiểm toán Nhà nước kiến nghị UBND Thành phố hoàn thiện thủ tục để thanh toán 50,5 tỷ đồng và điều chỉnh giảm giá trị hợp đồng đối với khối lượng không thực hiện của các gói thầu là 254,9 tỷ đồng (do điều chỉnh quy hoạch nên phạm vi phần đường trên tuyến R1 chuyển thành cầu cạn qua dự án Quảng trường Trung tâm và sẽ bổ sung dự toán thay thế; một phần khối lượng không thực hiện so với dự toán ban đầu nhằm phù hợp với điều kiện thực tế của dự án), điều chỉnh giảm giá trị dự toán của các gói thầu là 86,3 tỷ đồng, hoàn thiện thủ tục đối với giá trị của các hợp đồng còn lại là 27 tỷ đồng…
Trước đó, liên quan đến quá trình triển khai dự án BT trong Khu đô thị mới Thủ Thiêm, tại Thông báo số 1041/TB-TTCP ngày 26/6/2019, Thanh tra Chính phủ kiến nghị UBND Thành phố Hồ Chí Minh thu hồi về ngân sách Nhà nước tiền sử dụng đất dự kiến thanh toán cho dự án BT bổ sung đối với Công ty Cổ phần Đầu tư địa ốc Đại Quang Minh là 1.800 tỷ đồng và lãi suất chậm nộp từ khi phát sinh.
Thanh tra Chính phủ cũng kiến nghị để Kiểm toán Nhà nước thực hiện kiểm toán, xác định lại tổng mức đầu tư và giá trị sử dụng đất theo giá thị trường và quy định của pháp luật, tránh thất thoát tiền của Nhà nước.
Trong quá trình kiểm toán, Thanh tra Chính phủ đề nghị Kiểm toán Nhà nước xem xét, sử dụng các kết quả thanh tra đã phát hiện gồm khoản chênh lệch giảm giữa các quyết định phê duyệt giá trị quyền sử dụng đất để thanh toán cho Dự án xây dựng 4 tuyến đường chính thiếu căn cứ và chưa đúng quy định với số tiền 3.901 tỷ đồng; các khoản do phê duyệt do tổng mức đầu tư của các dự án BT tăng sai khoảng 1.734 tỷ đồng; loại khỏi chi phí quyết toán Dự án xây dựng 4 tuyến đường chính số tiền 25,4 tỷ đồng không đủ điều kiện quyết toán dự án.
Liên quan đến Dự án xây dựng 4 tuyến đường chính trong Khu đô thị mới Thủ Thiêm, trong báo cáo 134/BC-UBND giữa tháng 7/2020 vừa qua về thực hiện các dự án đầu tư công, UBND Thành phố cho biết, thực hiện nội dung kết luận của Thanh tra Chính phủ, Công ty Cổ phần Đầu tư địa ốc Đại Quang Minh đã nộp ngân sách Thành phố 1.800 tỷ đồng vào ngày 12/12/2019. Số tiền lãi suất chậm nộp còn lại, doanh nghiệp cam kết sẽ nộp ngay sau khi có ý kiến hướng dẫn của Thanh tra Chính phủ và các bộ, ngành liên quan.