Khả năng xâm nhập mặn mùa khô năm 2019-2020 ở mức cao hơn trung bình nhiều năm và mùa khô các năm 2017-2018, 2018-2019, nhưng ở mức nhẹ hơn năm xâm nhập mặn lịch sử 2015-2016.
Cụ thể, từ tháng 12/2019, mặn có khả năng ảnh hưởng tới việc lấy nước của các công trình thủy lợi trong phạm vi cách biển đến 30-35km. Tháng 1 và tháng 2/2020, ranh mặn 4g/l có khả năng vào sâu vào nội địa 45 - 55km (tùy cửa sông). Các ngày triều cường, gió chướng mạnh, xâm nhập mặn có thể tăng đột biến nhưng tồn tại trong thời đoạn ngắn. Từ tháng 3/2020, theo xu thế một số năm gần đây, dòng chảy về Đồng bằng sông Cửu Long sẽ tăng do hoạt động điều tiết của các hồ chứa ở thượng nguồn, xâm nhập mặn sẽ có xu thế giảm so với tháng 1, tháng 2.
Dự báo lượng mưa trong tháng 9 ở mức cao hơn trung bình nhiều năm. Mực nước lũ Đồng bằng sông Cửu Long tiếp tục tăng trong tháng 9, đến cuối tháng mực nước tại Tân Châu (An Giang) có khả năng lên mức 2,9 - 3,2 m và Châu Đốc ở mức 2,4 - 2,8 m.
Tổng cục Thủy lợi dự báo dòng chảy về Đồng bằng sông Cửu Long có xu thế tiếp tục tăng trong thời gian tới. Đỉnh lũ năm 2019 đến muộn so với trung bình nhiều năm, xuất hiện khoảng nửa đầu tháng 10, mực nước cao nhất ở mức dưới báo động 1, tại Tân Châu mức từ 3-3,5m, Châu Đốc 2,5-3m.
Lũ không ảnh hưởng đến sản xuất nông nghiệp và an toàn của đê bao, bờ bao. Tuy nhiên, có một số ảnh hưởng bất lợi về vệ sinh đồng ruộng, nuôi trồng, đánh bắt thủy sản.
Trong tháng 8, mực nước lũ tại thượng nguồn sông Mê Kông có xu thế tăng do có một số đợt mưa lớn tại Lào và hiện ở mức cao hơn năm 2015 (năm sinh ra hạn lịch sử 2016), nhưng thấp hơn so với trung bình nhiều năm. Mực nước tại một số trạm tính đến ngày 30/8: tại Tân Châu đạt 2,29 m (thấp hơn trung bình nhiều năm 1,07 m, cao hơn năm 2015 là 0,13 m; tại Châu Đốc đạt 2,11 m (thấp hơn trung bình nhiều năm 0,79 m, cao hơn năm 2015 là 0,08 m).
Hiện tại, dung tích Biển Hồ (ở Campuchia) trữ ước tính khoảng 21,77 tỷ m3, thấp hơn trung bình nhiều năm khoảng 19,8 tỷ m3. Dự báo, đến chính mùa lũ, dung tích Biển Hồ trữ được khoảng 25-33 tỷ m3, thấp hơn trung bình nhiều năm khoảng 10-15 tỷ m3, lớn hơn khoảng 5-6 tỷ m3 so với năm 2015.