Trong số 7 tập đoàn và 12 tổng công ty được Chính phủ giao Ủy ban trực tiếp làm đại diện chủ sở hữu, 5 tổng công ty thuộc Bộ GTVT gồm: Tổng công ty Hàng không Việt Nam (Vietnam Airlines), Tổng công ty Cảng hàng không Việt Nam (ACV), Tổng công ty Đường sắt Việt Nam (VNR), Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) và Tổng công ty Hàng hải Việt Nam (Vinalines).
Hoạt động của Tổng công ty đường sắt Việt Nam sẽ do Ủy ban quản lý vốn Nhà nước quản lý.Theo Bộ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Văn Thể, Nghị định số 131 nêu rõ, trong vòng 45 ngày phải bàn giao xong việc chuyển giao. Vì vậy, việc chuyển giao sớm về Ủy ban sẽ đảm bảo hoạt động của các tổng cổng ty không bị đình chệ, chồng chéo.
Bên cạnh đó, việc chuyển giao sẽ tách bạch rõ chức năng quản lý Nhà nước (QLNN) của Cục quản lý chuyên ngành và các tổng công ty. Đối với việc quản lý tài sản của các đơn vị chuyển giao, Bộ GTVT đang xây dựng các đề án quản lý, khai thác hạ tầng xin ý kiến Chính phủ phê duyệt.
Cũng theo Bộ GTVT, sau khi chuyển giao, Bộ GTVT sẽ thực hiện chức năng quản lý Nhà nước trên cơ sở chiến lược, quy hoạch; nghiên cứu kế hoạch đầu tư và cơ chế chính sách.