Theo báo cáo của Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, sau 5 năm mở tuyến (2014-2019), trên tuyến vận tải ven biển Bắc - Nam hiện có 839 tàu mang cấp VR-SB; trong đó 305 phương tiện đóng mới, còn lại được chuyển cấp từ tàu biển hoặc tàu sông thành tàu SB. Đến nay, tổng khối lượng đội tàu SB vận chuyển đạt hơn 144 triệu tấn, tốc độ tăng trưởng hàng hóa bình quân là 204%/năm. Tính trung bình đạt gần 2,2 triệu tấn/tháng và tương đương với khối lượng vận chuyển của 72.760 xe ô tô tải trọng 30 tấn mỗi tháng.
Tuy nhiên, từ khi tuyến vận tải này được mở đã nảy sinh những bất cập về quản lý loại hình này ảnh hưởng đến an toàn hàng hải và hiệu quả vận tải. Các bất cập có thể kể đến như trang thiết bị an toàn của tàu SB được đánh giá chưa phù hợp với hành trình trên biển, yêu cầu về trình độ thuyền viên còn thấp; không có cơ chế thông tin liên lạc giữa tàu SB với hàng hải khi đi trên luồng đi chung hàng hải và đường thủy hoặc sắp xếp điều hành phương tiện ra, vào cảng biển; căn cứ điều kiện thời tiết (sóng hay gió) để cho phép phương tiện rời cảng biển; chế tài xử lý vi phạm trong lĩnh vực hàng hải và biên phòng không đồng nhất...
Trong thời gian trên, tuyến vận tải ven biển đã để xảy ra 39 vụ tai nạn, sự cố nghiêm trọng liên quan đến tàu SB, gây chìm đắm 27 tàu, làm 3 người thiệt mạng.
Từ những bất cập trên, đại diện lãnh đạo các đơn vị trên cho biết, sẽ tiếp tục rà soát các vấn đề liên quan trong quản lý hoạt động của tàu SB để báo cáo, đề xuất Bộ Giao thông Vận tải các giải pháp quản lý hiệu quả hơn tuyến vận tải ven biển dành cho tàu SB. Cụ thể, các đơn vị đã đề xuất cần ban hành nghị định hoặc thông tư riêng để quản lý hoạt động vận tải ven biển dành cho tàu SB.