Lý giải cho vấn đề này, Bộ Tài chính dẫn thông tin một số báo chí trước đó có nêu việc Luật Đầu tư năm 2014 và Nghị định số 118/2015/NĐ-CP quy định 2 điểm đáng chú ý về ưu đãi.
Cụ thể, điều đầu tiên là những trường hợp dự án đầu tư mới đồng thời đáp ứng nhiều điều kiện ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp thì được chọn hưởng mức ưu đãi thuế có lợi nhất. Thứ hai, các dự án đầu tư được cấp phép trước ngày 1/7/2015 vẫn được hưởng ưu đãi theo quy định mới cho thời gian còn lại.
Nhưng theo đánh giá của một số thông tin này, đây là những ưu đãi bị cắt xén trong Thông tư số 83/2016/TT-BTC hướng dẫn thực hiện ưu đãi đầu tư theo quy định của Luật Đầu tư và Nghị định số 118/2015/NĐ-CP quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Đầu tư sẽ có hiệu lực từ 1/8.
Với nội dung những trường hợp dự án đầu tư mới có thể được chọn hưởng mức ưu đãi thuế có lợi nhất, Bộ Tài chính khẳng định, tại khoản 5 điều 4 Thông tư số 83 đã quy định về ưu đãi thuế như vậy.
Thông tư nêu rõ, trường hợp dự án đầu tư đồng thời đáp ứng nhiều điều kiện ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp thì được chọn hưởng mức ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp có lợi nhất. "Như vậy, Thông tư 83/2016/TT-BTC đã hướng dẫn đúng quy định của Luật Đầu tư và Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp," báo cáo của ngành tài chính khẳng định lại.
Về nội dung các dự án đầu tư được cấp phép trước ngày 1/7/2015 vẫn được hưởng ưu đãi theo quy định mới cho thời gian còn lại, Bộ Tài chính cho rằng, đây chính là nội dung về việc bảo đảm ưu đãi đầu tư kinh doanh trong trường hợp thay đổi pháp luật.
Luật Đầu tư đã quy định điều này và ghi rõ: Trường hợp văn bản pháp luật mới được ban hành quy định ưu đãi đầu tư cao hơn ưu đãi đầu tư mà nhà đầu tư đang được hưởng thì nhà đầu tư được hưởng ưu đãi đầu tư theo quy định của văn bản pháp luật mới cho thời gian hưởng ưu đãi còn lại của dự án.
Nghị định số 118/2015/NĐ-CP theo Bộ Tài chính đã nêu với điều 3: Trong trường hợp văn bản pháp luật mới do cơ quan Nhà nước có thẩm quyền ban hành có quy định làm thay đổi ưu đãi đầu tư đang áp dụng đối với nhà đầu tư trước thời điểm văn bản đó có hiệu lực, nhà đầu tư được bảo đảm thực hiện ưu đãi đầu tư.
Bộ Tài chính cho biết, Thông tư số 83 đã chiếu theo nghị định trên để hướng dẫn. Cụ thể, thông tư có hướng dẫn: Việc bảo đảm đầu tư kinh doanh trong trường hợp thay đổi pháp luật thực hiện theo quy định tại Điều 3 Nghị định số 118/2015/NĐ-CP.
Vì vậy, Bộ Tài chính khẳng định, việc xây dựng và ban hành Thông tư số 83 đã được Bộ Tài chính thực hiện theo đúng quy trình xây dựng văn bản, đã tổng hợp ý kiến tham gia của 16 Bộ, 15 Ủy ban Nhân dân các tỉnh, thành phố và hàng chục cơ quan chức năng khác.