Tính đến thời điểm hiện nay, Ban Quản lý Quỹ vaccine phòng COVID-19 đã chi từ quỹ 4.506,8 tỷ đồng. Trong số đó, chi mua vaccine 4.498 tỷ đồng; chi hỗ trợ nghiên cứu, thử nghiệm vaccine 8,8 tỷ đồng nên dư cuối ngày là 4.185,3 tỷ đồng.
Bộ Tài chính cho biết, đến thời điểm hiện tại, Quỹ đã mở tài khoản cho 3 loại tiền VND, USD, EUR tại Sở Giao dịch Kho bạc Nhà nước và 7 ngân hàng thương mại gồm: Ngân hàng TMCP Đầu tư và Phát triển Việt Nam, Ngân hàng TMCP Ngoại thương Việt Nam, Ngân hàng TMCP Phát triển Thành phố Hồ Chí Minh, Ngân hàng TMCP Công thương Việt Nam, Ngân hàng Nông nghiệp và phát triển nông thôn Việt Nam, Ngân hàng TMCP Tiên Phong, Ngân hàng TMCP Quân đội.
Các cá nhân tổ chức có thể nộp vào tài khoản nêu trên hoặc nhắn tin ủng hộ qua Tổng đài 1408 của Bộ Thông tin và Truyền thông.
Hiện tại do ảnh hưởng của dịch bệnh COVID-19 và chấp hành nghiêm giãn cách xã hội theo tinh thần của Chỉ thị 16/CT-TTg của Thủ tướng và Chỉ thị 17 của Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội nên Ban Quản lý Quỹ vaccine phòng COVID-19 không tổ chức tiếp nhận ủng hộ của các tổ chức cá nhân. Ban Quản lý Quỹ vaccine phòng COVID-19 sẽ tổ chức lễ tiếp nhận ủng hộ trở lại khi được phép.
Ban Quản lý Quỹ thực hiện xuất quỹ để chi theo nội dung chi đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt và trên cơ sở đề nghị chi của Bộ Y tế theo quy định tại Quyết định số 779/QĐ-TTg ngày 26/5/2021 của Thủ tướng Chính phủ về thành lập Quỹ và Thông tư số 41/2021/TT-BTC ngày 02/6/2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn về tổ chức, hoạt động, quản lý, sử dụng và kế toán, quyết toán, công khai tài chính Quỹ.
Ban Quản lý Quỹ cũng xây dựng phương án gửi tiền có kỳ hạn tại các ngân hàng thương mại theo phương thức đấu thầu cạnh tranh lãi suất, đảm bảo công khai, minh bạch và hiệu quả theo đúng quy định của Thủ tướng Chính phủ. Lãi tiền gửi của Quỹ tại Kho bạc Nhà nước và ngân hàng thương mại được tính vào nguồn thu của Quỹ, được sử dụng để hỗ trợ, tài trợ cho hoạt động mua, nhập khẩu vaccine, nghiên cứu, sản xuất vaccine trong nước và sử dụng vaccine phòng COVID-19.