Trên địa bàn Tp. Hồ Chí Minh hiện có 5 trạm thu phí gồm trạm An Sương – An Lạc, trạm cầu Phú Mỹ, trạm Xa lộ Hà Nội (đang tạm dừng thu phí), trạm Phú Mỹ Hưng, trạm BOT Phú Hữu (chưa tổ chức thu phí). Theo chủ trương, đến ngày 31/12/2020, các trạm thu phí phải hoàn thành lắp đặt hệ thống thu phí tự động không dừng tại các trạm thu phí trên toàn quốc.
Hiện nay, trạm An Sương – An Lạc trên Quốc lộ 1 và trạm cầu Phú Mỹ trên đường Võ Chí Công đã triển khai hệ thống ETC; trạm thu phí Xa lộ Hà Nội đã đầu tư hệ thống thu phí ETC nhưng đang tạm dừng thu phí. Trong khi đó, trạm thu phí đường Nguyễn Văn Linh chưa triển khai hệ thống thu phí ETC.
Do trạm thu phí đường Nguyễn Văn Linh có tính đặc thù riêng, UBND Tp. Hồ Chí Minh kiến nghị Thủ tướng Chính phủ cho phép tiếp tục duy trì hoạt động thu phí trong gian gian triển khai đầu tư nâng cấp hệ thống thu phí điện tử không dừng tại trạm này. UBND Thành phố sẽ chỉ đạo các sở, ngành, đơn vị liên quan phối hợp với nhà đầu tư đẩy nhanh tiến độ và đưa hệ thống thu phí ETC vào hoạt động trong quý II/2021.
Trạm thu phí đường Nguyễn Văn Linh) do Công ty TNHH Phát triển Phú Mỹ hưng tổ chức thực hiện từ năm 1998 theo Giấy phép đầu tư số 602/GP do Ủy ban Nhà nước về hợp tác đầu tư cấp ngày 19/5/1993 gắn với Khu đô thị mới Phú Mỹ Hưng. Nguồn thu phí của trạm thu phí đường Nguyễn Văn Linh phục vụ duy tu, bảo dưỡng tuyến đường Nguyễn Văn Linh và phục vụ việc tổ chức bộ máy quản lý thu phí giao thông, xây dựng cơ sở vật chất tại trạm thu phí.
Theo UBND Tp. Hồ Chí Minh, nguồn thu phí của trạm phu phí đường Nguyễn Văn Linh không phải để hoàn vốn đầu tư như các trạm thu phí khác trên địa bàn thành phố cũng như trên cả nước. Thời gian qua, Tp. Hồ Chí Minh đã đề nghị Công ty TNHH Phát triển Phú Mỹ Hưng đẩy nhanh tiến độ đầu tư nâng cấp hệ thống thu phí ETC tại trạm thu phí đường Nguyễn Văn Linh theo chủ trương của Chính phủ, Bộ Giao thông Vận tải.
Tuy nhiên, do liên quan đến trách nhiệm và nghĩa vụ của Nhà đầu tư và Tp. Hồ Chí Minh được quy định tại giấy phép đầu tư và các quy định của pháp luật, để đảm bảo sự đồng thuận, chặt chẽ trong đầu tư, nên việc đầu tư nâng cấp hệ thống thu phí ETC tại trạm chưa đảm bảo tiến độ theo yêu cầu chung của Chính phủ.
Hiện UBND Tp. Hồ Chí Minh đã chỉ đạo Sở Tài chính, Sở Giao thông Vận tải, Sở Kế hoạch và Đầu tư rà soát, tham mưu các thủ tục, pháp lý liên quan để triển khai thực hiện. Dự kiến Công ty TNHH Phát triển Phú Mỹ Hưng sẽ hoàn thành nâng cấp hệ thống ETC tại trạm thu phí đường Nguyễn Văn Linh trong quý II/2021.