Cụ thể, văn bản do Phó Tổng giám đốc Công ty cổ phần Đầu tư Đèo Cả Lưu Xuân Thủy ký cho biết, hầm Hải Vân 1 đã được nhà nước đầu tư bằng nguồn vốn vay JBIC của Nhật Bản hoàn thành đưa vào sử dụng từ 6/2005. Từ năm 2005 - 2015, chi phí để thực hiện việc quản lý vận hành hầm và tuyến đường Quốc lộ 1 qua đèo Hải Vân được Nhà nước chi trả.
Trong quá trình triển khai mở rộng hầm Hải Vân 2, Bộ Giao thông Vận tải đã yêu cầu nhà đầu tư - Công ty cổ phần Đầu tư Đèo Cả thực hiện việc nâng cấp hầm Hải Vân 1 (do sau hơn 10 năm đưa vào sử dụng cần phải thực hiện trung tu, nâng cấp để đảm bảo điều kiện an toàn khai thác) và ứng kinh phí để thực hiện việc quản lý vận hành từ tháng 11/2015.
Đến thời điểm hiện nay, Công ty cổ phần Đèo Cả đã chi 900 tỷ đồng để thực hiện hoàn thành việc nâng cấp hầm Hải Vân 1 và hơn 300 tỷ đồng để quản lý vận hành hầm Hải Vân 1.
Theo Phương án tài chính được Bộ Giao thông Vận tải phê duyệt, Hợp đồng BOT ký kết giữa Bộ Giao thông Vận tải với nhà đầu tư thì Công ty cổ phần Đầu tư Đèo Cả được thu phí tại trạm Nam Hải Vân từ tháng 1/2017. Tuy nhiên, việc thu phí tại trạm Nam Hải Vân không thực hiện được do trạm Bắc Hải Vân đang thu phí để hoàn vốn cho dự án khác là dự án BOT Phước Tượng - Phú Gia.
Hiện nay, chi phí quản lý vận hành hầm Hải Vân 1 khoảng gần 100 tỷ đồng/năm. Tại văn bản số 70/TTg-KTN ngày 12/01/2016, Thủ tướng Chính phủ chấp thuận về nguyên tắc việc bố trí 7 trạm thu phí (trong đó có trạm Nam Hải Vân, La Sơn - Túy Loan) để hoàn vốn cho dự án hầm Đèo Cả.
Bộ Giao thông Vận tải đã phê duyệt phương án tài chính hoàn vốn Dự án tại Quyết định số 3107/QĐ-BGTVT ngày 5/10/2016 với thời gian hoàn vốn khoảng 28 năm. Như vậy, cần nguồn kinh phí khoảng 2.660 tỷ đồng/28 năm (nếu tính thêm hệ số trượt giá sẽ là 5.548 tỷ đồng) để quản lý vận hành hầm Hải Vân 1, đây là khoản kinh phí quá lớn và nếu không có giải pháp để đảm bảo thì doanh nghiệp không thể cân đối được.
“Trước việc nhà đầu tư đã không được thu phí hoàn vốn tại trạm Nam Hải Vân theo đúng cam kết mà thu chung tại trạm Bắc Hải Vân, hoàn vốn Dự án hầm Phú Gia - Phước Tượng. Đồng thời, Bộ Giao thông Vận tải cũng đã báo cáo đề xuất Thủ tướng Chính phủ bỏ không thu phí tại trạm La Sơn - Túy Loan. Quyết định này đã làm giảm nghiêm trọng nguồn thu của dự án”, văn bản do Phó Tổng giám đốc Lưu Xuân Thủy ký nhấn mạnh.
Cũng theo Công ty cổ phần Đầu tư Đèo Cả, để duy trì hoạt động các hầm, doanh nghiệp cần có nguồn chi phí để chi trả lương cán bộ nhân viên, nhân công, nhiên liệu vận hành máy móc thiết bị, chi phí điện, …
Với tình trạng nguồn tiền ứng ra từ vốn chủ sở hữu hiện nay của doanh nghiệp quá lớn và kéo dài, khó khăn nhưng không được cơ quan nhà nước có thẩm quyền quan tâm giải quyết, nhà đầu tư - Công ty cổ phần Đầu tư Đèo Cả sẽ đối diện với việc không thể tiếp tục chi trả các chi phí quản lý vận các hầm Đèo Cả, Hải Vân 1, sẽ dẫn đến nguy cơ gián đoạn hoạt động của các hầm Đèo Cả, hầm Hải Vân 1 trong 1-2 tháng tới nếu các vướng mắc này không được Bộ Giao thông Vận tải và Chính phủ tháo gỡ kịp thời.
Đại diện Công ty cổ phẩn Đầu tư Đèo Cả cho biết, công ty đã kiến nghị nhiều lần nhưng chưa được Bộ Giao thông Vận tải giải quyết. Hiện nay, mặc dù gặp nhiều khó khăn như vậy nhưng công ty vẫn đang tập trung nguồn lực để hoàn thành hầm Cù Mông để đưa vào khai thác trước Tết Nguyên đán năm nay và tại hạng mục mở rộng Hầm Hải Vân đã khoan được gần 4.000 m hầm/6.300 m. Đồng thời đang nỗ lực làm việc với Nhà thầu quản lý vận hành Hầm Hải Vân 1 (Công ty HAMADECO), Điện lực Đà Nẵng để duy trì việc quản lý vận hành hầm Hải Vân 1 hiện tại.