Sau 1 ngày xét xử phúc thẩm, ngày 21/5, Tòa án nhân dân cấp cao tại Thành phố Hồ Chí Minh đã tuyên bác các kháng cáo, y án vụ án sai phạm xảy ra tại Tổng Công ty Đầu tư phát triển và quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long (gọi tắt là Tổng Công ty Cửu Long, thuộc Bộ Giao thông Vận tải), Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh (gọi tắt là Công ty Yên Khánh) và các đơn vị có liên quan trong việc đấu thầu và thu phí tuyến cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương.
Phiên tòa phúc thẩm được mở để xem xét kháng cáo của 4 bị cáo: Đinh Ngọc Hệ (tức Út "Trọc", Phó Tổng Giám đốc Tổng Công ty Thái Sơn), Phạm Văn Diệt (Tổng Giám đốc điều hành Công ty Đức Bình), Vũ Thị Hoan (Giám đốc Công ty Yên Khánh), Phạm Tấn Hoàng (Phó Trưởng phòng Phòng Kế toán, Công ty Yên Khánh). Bị cáo Đinh Ngọc Hệ kháng cáo, đề nghị đổi tội danh từ lừa đảo chiếm đoạt tài sản sang tội trốn thuế, các bị cáo còn lại kháng cáo, xin giảm nhẹ hình phạt.
Tại phiên tòa phúc thẩm, các luật sư của bị cáo Đinh Ngọc Hệ không tham gia bào chữa và bị cáo Hệ cũng từ chối luật sư chỉ định của tòa. Đại diện Viện Kiểm sát cấp cao tại Thành phố Hồ Chí Minh tham gia phiên tòa nhận định, bản án sơ thẩm đã tuyên đúng người, đúng tội, không có căn cứ xem xét kháng cáo của các bị cáo nên đề nghị bác kháng cáo, tuyên y án sơ thẩm. Bị cáo Đinh Ngọc Hệ từ chối tranh luận vì cho rằng đã giao quyền bào chữa cho luật sư mà luật sư vắng mặt.
Sau khi nghị án, Hội đồng xét xử đã bác kháng cáo của các bị cáo vì không có cơ sở, không có tình tiết mới. Hội đồng xét xử tuyên y án sơ thẩm đối với 4 bị cáo, cụ thể là y án chung thân đối với bị cáo Đinh Ngọc Hệ; 10 năm tù, tổng hợp hình phạt với bản án trước đó là 24 năm tù đối với bị cáo Phạm Văn Diệt (Tổng Giám đốc Công ty Đức Bình); 7 năm tù, tổng hợp hình phạt với bản án trước đó là 14 năm tù đối với bị cáo Vũ Thị Hoan (Giám đốc Công ty Yên Khánh) và 6 năm tù đối với bị cáo Phạm Tấn Hoàng (Phó phòng Phòng kế toán Công ty Yên Khánh).
Trước đó, ngày 22/12, Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh đã tuyên án sơ thẩm, tuyên bị cáo Đinh Ngọc Hệ án chung thân về tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản," 13 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi”, tổng hợp hình phạt chung là tù chung thân. Tòa tuyên buộc bị cáo Hệ phải bồi thường toàn bộ số tiền hơn 725 tỷ đồng đã chiếm đoạt qua hành vi gian dối trong thu phí dự án Thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương và hơn 3,4 tỷ đồng trục lợi từ việc mua rẻ căn biệt thự của Công ty Cổ phần Licogi 13.
Theo nội dung vụ án, dự án đường cao tốc Thành Hồ Chí Minh - Trung Lương được hình thành từ nguồn vốn ngân sách nhà nước, do vậy số tiền thu được từ việc bán quyền thu phí cao tốc là tài sản của Nhà nước. Bộ Giao thông Vận tải được Thủ tướng Chính phủ giao là đơn vị chủ trì xây dựng Đề án bán quyền thu phí, thực hiện việc chuyển giao quyền thu phí để hoàn trả ngân sách nhà nước kinh phí đã đầu tư cho dự án.
Để triển khai tổ chức bán đấu giá quyền thu phí đường cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương, ngày 3/10/2013, bị cáo Đinh La Thăng (khi ấy là Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải) đã ký Quyết định số 3050/QĐ-BGTVT về việc thành lập Hội đồng bán đấu giá và Tổ thường trực giúp việc Hội đồng bán đấu giá. Khi đề án được triển khai thực hiện bị cáo Đinh La Thăng đã gọi điện thoại trực tiếp cho bị cáo Dương Tuấn Minh (Tổng Giám đốc Tổng Công ty Cửu Long) để giới thiệu bị cáo Đinh Ngọc Hệ tiếp cận đề án, sau đó tạo điều kiện cho công ty của Hệ trúng đấu giá quyền thu phí đường cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh-Trung Lương.
Từ đó, bị cáo Đinh Ngọc Hệ đã lợi dụng mối quan hệ này để xây dựng hồ sơ gian dối tham gia mua đấu giá quyền thu phí. Sau khi trúng đấu giá quyền thu phí, bị cáo Đinh Ngọc Hệ tiếp tục thực hiện các hành vi gian dối nhằm chiếm đoạt tài sản của Nhà nước, gây hậu quả thất thoát của Nhà nước hơn 725 tỷ đồng. Cụ thể, bị cáo Hệ đã có hành vi gian dối, chỉ đạo nhân viên làm giả hồ sơ năng lực, báo cáo tài chính của Công ty Yên Khánh và Khánh An (đều do Đinh Ngọc Hệ thành lập và điều hành) từ kinh doanh thua lỗ thành kinh doanh có lãi để đáp ứng đủ điều kiện tham gia đấu giá và trúng đấu giá. Đinh Ngọc Hệ đã chỉ đạo nhân viên bằng mọi cách che giấu doanh thu thực tế để chiếm đoạt. Đinh Ngọc Hệ chỉ đạo dùng công nghệ cao thay cho hình thức thủ công ban đầu nhằm mục đich chiếm đoạt tài sản của Nhà nước được nhiều hơn. Hệ đã 2 lần yêu cầu mua phần mềm của Công ty Xuân Phi để can thiệp trái phép vào phần mềm quản lý của Bộ Giao thông Vận tải với mức độ ngày càng tinh vi, số tiền chiếm đoạt lớn.
Hội đồng xét xử cấp sơ thẩm cũng tuyên phạt bị cáo Đinh La Thăng 10 năm tù về tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí”. Các bị cáo nguyên là lãnh đạo, nguyên cán bộ Bộ Giao thông Vận tải bị tuyên phạt mức án thấp nhất từ 2 năm tù đến cao nhất là 4 năm 6 tháng tù. Sau phiên tòa sơ thẩm, nhóm các bị cáo này không kháng cáo.