Theo cáo trạng, sau khi soạn thảo xong các hợp đồng, phụ lục hợp đồng mua bán các thuốc nhãn mác Health 2000 Canada giả giữa Công ty VN Pharma với Công ty Austin Hong Kong, Phan Cẩm Loan (nguyên Phó Trưởng phòng Xuất nhập khẩu Công ty VN Pharma) và Nguyễn Thị Quyết (nguyên nhân viên Phòng Xuất nhập khẩu Công ty VN Pharma) đã in các hợp đồng, phụ lục hợp đồng này trên các tờ giấy A4 trắng đã có sẵn hình dấu có nội dung “Austin Pharma Specialties Co.” của Công ty Austin Hong Kong và dấu chữ ký mang tên Luk Heung Tung do Phạm Anh Kiệt cung cấp.
Tại cơ quan điều tra, các bút lục có trong hồ sơ vụ án thể hiện bị cáo Kiệt có những lời khai nêu trên. Tuy nhiên, tại phiên tòa, Kiệt phủ nhận toàn bộ những lời khai này, cho rằng bị cáo không cầm con dấu này. Kiệt khai, bị cáo bị một điều tra viên tên là Phạm Tường Minh dụ cung, hướng dẫn nói theo những lời khai này.
Tuy nhiên, thẩm phán, chủ tọa phiên tòa Đào Bá Sơn cho biết, trong toàn bộ các bút lục có trong hồ sơ vụ án, không bút lục nào thể hiện có tên hoặc có chữ ký của điều tra viên nào tên là Phạm Tường Minh như lời bị cáo Kiệt khai, mà chỉ có 2 điều tra viên nữ tên là Vũ Thị Quỳnh Trang và Hồ Thị Duyên tham gia xét hỏi bị cáo Kiệt.
Trong phần xét hỏi thêm vào chiều 19/5, bị cáo Phan Cẩm Loan cũng thừa nhận nội dung như cáo trạng đã nêu, bị cáo đã in các hợp đồng, phụ lục hợp đồng trên các tờ giấy A4 trắng đã có sẵn hình dấu có nội dung “Austin Pharma Specialties Co.” của Công ty Austin Hong Kong và dấu chữ ký mang tên Luk Heung Tung do Phạm Anh Kiệt cung cấp. Bị cáo Loan khẳng định đã lấy 3 tờ giấy có con dấu nói trên ở Phòng Xuất nhập khẩu, Công ty VN Pharma.
Mặt khác, bị cáo Kiệt khai không cung cấp dấu cho Nguyễn Minh Hùng (nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị, kiêm Tổng Giám đốc Công ty VN Pharma) và cũng không cung cấp dấu cho Nguyễn Văn Báu (nhân viên của VN Pharma). Bị cáo Kiệt còn khai chưa từng quản lý con dấu này.
Trước lời khai này, Hội đồng xét xử đã công bố Biên bản hỏi cung lúc 13 giờ 15 phút ngày 11/7/2020, tại Trại tạm giam B34 Bộ Công an, bút lục số 04800, bị cáo Kiệt khai nhận: Khoảng tháng 6 năm 2013, Kiệt đã bàn giao cho dấu của Công ty Austin Hồng Kong và dấu tên Luk Heung Tung cho Công ty VN Pharma sử dụng. Hai con dấu này được Kiệt giao cho Báu (nhân viên của VNPharma) tại nhà của Kiệt. Việc giao con dấu không có biên bản và không có ai chứng kiến. Lúc giao 2 con dấu này, Kiệt đã bỏ chúng vào 1 bịch nilon.
Sau khi Tòa công bố bút lục này thì bị cáo Kiệt lại thay đổi lời khai, cho rằng bị cáo có cầm con dấu, sau đó đã trả lại.
Tại biên bản hỏi cung ngày 5/8/2020, tại Trại tạm giam B34 Bộ Công an, có sự tham gia của luật sư Chu Đức Hảo (luật sư của bị cáo Kiệt), ghi rõ: Bị cáo Kiệt đã khai, mô tả về đặc điểm con dấu Austin Hồng Koong như sau: khi đóng có hình elip, mực màu xanh da trời với dòng chữ “Austin Pharma Specialties Co.”, bên ngoài là hình hộp chữ nhật, màu trắng.
Khai trước Tòa, bị cáo Kiệt nói mình bị đình chỉ sinh hoạt đảng sau khi vụ án được xử. Sau đó, Hội đồng xét xử công bố quyết định đình chỉ sinh hoạt đảng đối với bị cáo Kiệt vào ngày 22/3/2016, khi đó chưa đưa ra xét xử giai đoạn 1 của vụ án, trong đó bị cáo Kiệt cũng bị truy tố về tội “Buôn bán hàng giả là thuốc chữa bệnh”. Sau khi Tòa công bố quyết định trên thì bị cáo Kiệt thừa nhận bị cáo bị nhầm và xin lỗi Hội đồng xét xử.
Giai đoạn 1 của vụ án, bị cáo Kiệt bị kết án 3 năm tù về tội “Buôn bán hàng giả là thuốc chữa bệnh”. Tại phiên phúc thẩm, bị cáo Kiệt kháng cáo kêu oan, tuy nhiên tại phiên tòa phúc thẩm, bị cáo rút kêu oan, chỉ xin giảm nhẹ hình phạt và xin hưởng án treo. Bản án phúc phẩm số 247 ngày 20/5/2020 của Tòa án cấp cao tại Thành phố Hồ Chí Minh đã nhận định: vai trò của bị cáo Kiệt trong vụ án (nguyên là thành viên Hội đồng quản trị của Công ty VN Pharma), bị cáo là người đã đóng dấu trên các tờ giấy A4 để trắng, để chuyển cho Nguyễn Minh Hùng thông qua bị cáo Loan và sau đó bị cáo Kiệt cũng là người đã chuyển con dấu của Công ty Austin Hồng Kong và con dấu tên của ông Luk Heung Tung cho bị cáo Nguyễn Minh Hùng để Hùng có thể sử dụng các tờ giấy A4 đã được đóng dấu và các con dấu do Kiệt cung cấp để sử dụng vào các hợp đồng nhằm hợp thức việc mua bán nhập khẩu lô thuốc H – capital.
Sau khi tiến hành thẩm vấn bổ sung, đại diện Viện Kiểm sát khẳng định nội dung truy tố của Viện Kiểm sát trong bản cáo trạng đối với các bị cáo trong vụ án này là hoàn toàn chính xác. Đại diện Viện Kiểm sát đã cân nhắc các tình tiết giảm nhẹ bổ sung (gia đình và bị cáo tự nguyện bồi thường khắc phục hậu quả, bị cáo có nhiều thành tích trong công tác…) và đề nghị Hội đồng xét xử xem xét giảm án cho một số bị cáo dưới mức án đề nghị trước đó của Viện Kiểm sát.
Cụ thể, đại diện Viện Kiểm sát đề nghị Hội đồng xét xử tuyên phạt bị cáo Nguyễn Minh Hùng từ 18-19 năm tù (trước đó đại diện Viện Kiểm sát đề nghị xử phạt bị cáo Nguyễn Minh Hùng 20 năm tù), tổng hợp tổng hợp với bản án 17 năm tù của bản án trước, buộc bị cáo phải chấp hành hình phạt chung của cả hai bản án là 30 năm tù. Bị cáo Phan Cẩm Loan được đề nghị từ 10-11 năm tù (giảm 1 năm so với đề nghị trước đó). Bị cáo Lê Thị Vũ Phương (nguyên Kế toán Trưởng Công ty VN Pharma) được đề nghị từ 9-10 năm tù (giảm 1 năm so với đề nghị trước đó). Phạm Quỳnh Trang (nguyên nhân viên Công ty trách nhiệm hữu hạn thương mại hàng hải Quốc tế H&C) được đề nghị từ 8-9 năm tù (giảm 1 năm so với đề nghị trước đó). Bị cáo Nguyễn Thị Quyết (nguyên nhân viên Phòng Xuất nhập khẩu Công ty VN Pharma) từ 7-8 năm tù (giảm 1 năm so với đề nghị trước đó).
Bị cáo Phạm Hồng Châu (nguyên Trưởng phòng Đăng ký thuốc, Cục Quản lý Dược Bộ Y tế) được đề nghị 5-6 năm tù (giảm 2 năm tù so với đề nghị trước đó của Viện Kiểm sát), Nguyễn Thị Thu Thủy (nguyên Phó Trưởng phòng Quản lý giá thuốc, Cục Quản lý Dược Bộ Y tế) được đề nghị từ 3 năm 6 tháng tù đến 4 năm 6 tháng tù (giảm 6 tháng so với đề nghị trước đó). Bị cáo Trương Quốc Cường được đề nghị xử phạt từ 4-5 năm tù (giảm 3 năm tù so với đề nghị trước đó).
Sau khi đại diện Viện Kiểm sát điều chỉnh mức án đề nghị đối với một số bị cáo. Các bị cáo và luật sư bào chữa đã cảm ơn sự ghi nhận và điều chỉnh kịp thời của Viện Kiểm sát, đồng thời xin Hội đồng xét xử tiếp tục xem xét giảm nhẹ mức án đối với các bị cáo, tạo điều kiện cho các bị cáo sớm được quay trở lại hòa nhập với cộng đồng, có cơ hội sửa chữa lỗi lầm và trở thành người có ích cho xã hội.