JMA cảnh báo gió mạnh và biển động, cũng như sạt lở đất và nước sông tràn bờ do mưa to. Tình trạng mưa bão làm hư hại nhà dân có thể tiếp diễn trong ngày 13/9.
Cơn bão này đang di chuyển chậm về phía Bắc, hướng về phía biển Hoa Đông và đến trưa 13/9 đã đi qua đảo Ishigaki của tỉnh Okinawa. Tính đến 22h ngày 12/9 theo giờ địa phương, bão Muifa ở vị trí cách hòn đảo này khoảng 60 km về phía Bắc - Tây Bắc với sức gió tối đa lên tới 198 km/giờ. Trong khi đó, đảo Hateruma cũng thuộc Okinawa đã ghi nhận lượng mưa kỷ lục 358,5 mm trong 24 giờ tính đến hết sáng 12/9.
Do ảnh hưởng của bão, các hãng hàng không All Nippon Airways và Japan Airlines đã phải hủy các chuyến bay đến và đi từ các đảo Miyako và Ishigaki. Ngoài ra, cuộc bỏ phiếu bầu thống đốc Okinawa tại các khu vực của thành phố Miyakojima diễn ra sớm hơn dự kiến.
Cũng theo JMA, các điều kiện khí quyển bên trong và xung quanh cơn bão Muifa rất bất ổn định. Dự báo tại Okinawa sẽ có lượng mưa lên tới 300 mm trong 24 giờ tính đến hết trưa 13/9 và từ 50 đến 100 mm trong 24 giờ tiếp theo.
Trong khi đó, bão Merbok, cơn bão thứ 13 trong mùa bão năm nay ở Nhật Bản, đã hình thành ngoài khơi đảo Wake ở Thái Bình Dương. Tuy nhiên, theo JMA, vị trí của cơn bão này hiện vẫn ở xa, về phía Đông Nhật Bản.