Trong thông báo ngày 15/4, Tổng công tố Guatemala Thelma Aldana nêu rõ ông Perez khi còn đương chức đã lợi dụng chức quyền để tạo thuận lợi cho các cuộc thương lượng nhằm hưởng lợi ích tài chính trực tiếp. Hành vi này của ông Perez, theo bà Aldana, đã hủy hoại lợi ích quốc gia.
Theo cáo trạng, cựu Tổng thống Perez cùng cựu Phó Tổng thống Guatemala Roxana Baldetti được cho là đứng đầu một mạng lưới tội phạm, đã giúp công ty Terminal de Contenedores Barcelona (TCB) của Tây Ban Nha ký được một hợp đồng vận hành một khu bãi công-te-nơ tại cảng Quetzal của Guatemala. Hợp đồng này được ký vào tháng 4/2012, có hiệu lực trong 10 năm. Các nhà thương lượng nước ngoài và Guatemala được hưởng tổng cộng 30 triệu USD tiền hoa hồng trong hợp đồng này, trong khi đó, ông Perez va bà Baldetti mỗi người "bỏ túi" khoảng 4,2 triệu USD. Ngay sau khi vụ việc bị phanh phui, người đứng đầu chi nhanh TCB tại Guatemala Juan Jose Suarez đã bị bắt giữ cùng với 8 người Guatemala.
Chính trường Guatemala dậy sóng kể từ khi kể từ khi Ủy ban Quốc tế chống tình trạng tội phạm không bị trừng phạt ở Guatemala (CICIG) và Bộ Công cộng phanh phui một số bê bối tham nhũng liên quan tới nhiều quan chức chính phủ, trong đó có cựu Phó Tổng thống Roxana Baldetti. Bà Baldetti cũng đã bị bắt giữ và không được tại ngoại do giới chức trách quan ngại rằng nguy cơ cuộc điều tra bị cản trở vì bà Baldetti mang quốc tịch Italy và có thể bỏ trốn. Ngay sau vụ bắt giữ bà Roxana Baldetti, Bộ trưởng Tài chính và Bộ trưởng Viễn thông đã từ chức cùng với 5 quan chức cấp cao khác trong chính phủ. Người đứng đầu các bộ Kinh tế, Y tế, Giáo dục và Nông nghiệp cũng đã có quyết định tương tự.
Theo điều tra của CICIG, họ tìm thấy các bằng chứng về việc Tổng thống Guatemala Perez cùng cựu Phó Tổng thống Baldetti tham gia và đứng đầu mạng lưới nhận hối lộ để giúp trốn thuế quy mô lớn. Sau khi xem xét 86.000 cuộc điện thoại, các điều tra viên đã xác định được một mạng lưới tên gọi "La Linea" (Đường dây), ám chỉ tới đường dây nóng mà các công ty dùng để liên lạc với một số quan chức hải quan. Nội dung các cuộc thoại có đề cập tới 2 nhân vật "Số Một" và "Số Hai". Các cơ quan chức năng cho rằng đây chính là ông Perez và bà Baldetti. Trước sức ép của người dân, ông Otto đã từ chức và hiện đang bị giam giữ chờ xét xử. Phiên tòa xét xử ông Perez và bà Baldetti sẽ diễn ra vào tuần tới.