Theo JMA, trong vòng 24 giờ tính tới 6 giờ sáng 17/10, lượng mưa tại tỉnh Shizuoka - nơi siêu bão Hagibis đổ bộ cuối tuần qua - ước tính lên tới 120mm, tại vùng Kanto-Koshin có thủ đô Tokyo khoảng 100mm, vùng Tohoku miền Đông Bắc Nhật Bản khoảng 50mm. JMA cảnh báo rằng lượng mưa nhỏ hơn cũng có thể làm gia tăng nguy cơ lũ lụt và lở bùn đất tại các khu vực bị ảnh hưởng. Do đó, cơ quan này khuyến cáo người dân cảnh giác.
Theo số liệu của Chính phủ Nhật Bản, siêu bão Hagibis đổ bộ vào nước này tối 12/10 đã khiến ít nhất 78 người thiệt mạng, 2.400 căn nhà bị phá hủy và gây ngập lụt khoảng 25.000 hecta trên đảo Honshu.
Bộ Hạ tầng Nhật Bản cho biết dự kiến vào ngày 21/10 sẽ hoàn tất công tác tu sửa khẩn cấp các tuyến đê bao đã sạt lở tại 12 địa điểm dọc 7 con sông. Bộ này nỗ lực khôi phục hoàn toàn các tuyến đê bao vào tháng 6 năm tới.
Lũ lụt dọc sông Chikuma đã nhấn chìm 10 tàu siêu tốc và 120 ô tô đỗ tại ga tàu của công ty Đường sắt Đông Nhật Bản ở thành phố Nagano. Công ty này dự kiến sẽ nối lại các dịch vụ trên toàn tuyến tàu cao tốc Shinkansen giữa hai ga thủ đô Tokyo và Kanazawa từ ngày 25/10 tới. Các tàu ngập nước có thể bị thải bỏ do đơn vị vận hành đường sắt này xác nhận hệ thống điện trên tàu hư hại nghiêm trọng.
Lũ lụt cũng gây thiệt hại lớn đối với lĩnh vực nông nghiệp. Bộ Nông nghiệp Nhật Bản cho biết thiệt hại ước tính khoảng ,28 tỷ yên (352 triệu USD) tính đến sáng 18/10. Con số này có thể sẽ còn tăng vì chưa tính tới nhiều khu vực bị ảnh hưởng khác.