Dù đang suy yếu, song cơn bão vẫn đang quần thảo trên đảo chính Kyushu, Tây Nam nước này.
Công ty đường sắt Kyushu (JR Kyushu) thông báo sẽ tạm dừng hầu hết các chuyến tàu cao tốc shinkansen trên đảo trong ngày 30/8 và hạn chế dịch vụ tàu cao tốc trên tuyến nối Hakata, phía Bắc Kyushu với Tokyo qua Shin-Osaka. Công ty đường sắt JR Central cũng cho biết sẽ hủy toàn bộ các chuyến tàu Tokaido Shinkansen nối Mishima và Nagoya trong suốt ngày 30/8. JR Central dự kiến sẽ đưa ra thông báo vào cuối ngày về việc có nối lại hoạt động tàu cao tốc đối với các tuyến còn lại, nối Nagoya và Shin-Osaka, cũng như nối Tokyo và Mishima. Tương tự, công ty JR West cũng hủy các chuyến tàu giữa Hakata với Hiroshima và dừng nhiều chuyến tàu cao tốc nối Hiroshima và Shin-Osaka trong ngày 30/8.
Hai hãng hàng không của Nhật Bản là All Nippon Airways và Japan Airlines cho biết sẽ hủy hoặc sắp xếp lại nhiều chuyến bay đi và đến từ các sân bay ở khu vực Tây Nam và miền Tây trong ngày 30/8. Việc hoãn, hủy chuyến sẽ ảnh hưởng đến các hãng hàng không vào cuối tuần.
Trước khi đổ vào Kyushu vào ngày 29/8, Cơ quan Khí tượng Nhật Bản (JMA) mô tả bão Shanshan "rất mạnh", song đã bỏ cụm từ này vào buổi chiều. JMA cũng đã hạ cấp cảnh báo bão đặc biệt, hiếm khi phải ban hành, đối với hầu hết các khu vực thuộc tỉnh Kagoshima.
Vào 5h ngày 30/8 (giờ địa phương, tức 3h theo giờ Việt Nam), bão Shanshan ở gần Yufu, tỉnh Oita và đang di chuyển chậm về phía Đông Bắc, với sức gió lên tới 126 km/h. Bão Shanshan đã mang theo lượng mưa lớn đổ vào nhiều khu vực của Nhật Bản, buộc nhà chức trách phải đưa ra cảnh báo về lũ lụt và lở đất. Người dân tại thành phố Fukuoka đã phải sơ tán, khiến đường phố trở nên vắng vẻ và các cửa hàng đều đã đóng cửa. Dự báo bão sẽ tiến vào các khu vực miền Trung và miền Đông Nhật Bản, trong đó có thủ đô Tokyo, vào khoảng cuối tuần.
Nhà chức trách Nhật Bản cho biết tính đến nay, đã có ít nhất 3 người thiệt mạng, 78 người bị thương. Khoảng 125.000 hộ gia đình ở 7 tỉnh ở Kyushu bị mất điện. Nhà sản xuất ô tô Toyota đã đình chỉ hoạt động tại tất cả nhà máy trong nước do ảnh hưởng của bão, trong khi các nhà sản xuất ô tô khác là Nissan và Honda, cùng các công ty bán dẫn Renesas, Tokyo Electron và Rohm, đã tạm ngừng sản xuất tại một số nhà máy.