Cơ quan An ninh liên bang Nga (FSB) đã bắt giữ Whelan, người có các hộ chiếu Mỹ, Anh, Canada và Ireland, từ tháng 12/2018 với cáo buộc làm gián điệp.
Theo hãng tin Rosbalt của Nga, người này bị bắt quả tang trong phòng khách sạn Hotel Metropol ở Moskva khi gặp một công dân Nga và nhận một ổ cứng USB chứa "một danh sách các nhân viên của một cơ quan an ninh mật". Whelan đã bác bỏ cáo buộc trên.
Hiện công dân Mỹ này đang bị giam trong nhà tù Lefortovo ở Moskva. Nếu bị kết án tội gián điệp, Whelan có thể sẽ phải đối mặt với mức án 10-20 năm tù giam.