Đó là, Thông tư quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí thẩm định cấp giấy phép môi trường do cơ quan Trung ương thực hiện và Thông tư quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí thẩm định cấp phép thăm dò, khai thác, sử dụng tài nguyên nước và hành nghề khoan nước dưới đất do cơ quan Trung ương thực hiện.
Theo đó, đối với quy định về phí thẩm định cấp điều chỉnh giấy phép môi trường trong dự thảo về mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí thẩm định cấp giấy phép môi trường do cơ quan Trung ương thực hiện, chỉ áp dụng trong hai trường hợp là cấp, cấp lại giấy phép môi trường. Tuy nhiên, quy định này chưa phù hợp với Luật Bảo vệ Môi trường 2020. Bởi, Luật định 3 loại phí thẩm định cấp giấy phép môi trường gồm: phí cấp, phí cấp lại, phí điều chỉnh. Do vậy, VCCI đề nghị cơ quan soạn thảo bổ sung quy định về phí điều chỉnh giấy phép môi trường.
Ngoài ra, việc quy định phí thẩm định điều chỉnh giấy phép môi trường cần được cân nhắc đến tính chất của hoạt động này. Vì theo Luật Bảo vệ Môi trường, việc cấp điều chỉnh chỉ thực hiện khi có những thay đổi nhỏ trong các nội dung của giấy phép môi trường. Các quy định về trình tự, thủ tục cấp điều chỉnh theo dự thảo Nghị định quy định chi tiết Luật Bảo vệ Môi trường cũng được thiết kế rất đơn giản; hoàn toàn thực hiện trên môi trường điện tử và trong thời gian xem xét chỉ 15 ngày. Do đó, VCCI đề nghị cơ quan soạn thảo cân nhắc xác định mức phí thẩm định điều chỉnh giấy phép môi trường ở mức thấp hơn nhiều so với phí cấp, cấp lại giấy phép môi trường
Đối với phí thẩm định cấp lại giấy phép môi trường, dự kiến mức thu tương đương với mức phí thẩm định cấp mới. Như vậy, không phù hợp do tính chất của hoạt động cấp lại luôn đơn giản hơn nhiều so với hoạt động cấp mới. Dự thảo Nghị định quy định chi tiết Luật Bảo vệ Môi trường cũng đang được soạn thảo và đề nghị góp ý hoàn thiện. Theo đó, hoạt động cấp lại chủ yếu xem xét sự thay đổi của các nội dung về nguồn chất thải, công trình, biện pháp bảo vệ môi trường và việc chấp hành pháp luật môi trường của doanh nghiệp. Vì thế, thủ tục cấp lại có tính chất đơn giản hơn so với thủ tục cấp mới, vốn xem xét toàn diện các nội dung bảo vệ môi trường. Do vậy, VCCI cũng đề nghị cơ quan soạn thảo sửa đổi theo hướng điều chỉnh mức phí cấp lại thấp hơn mức phí cấp mới.
Riêng về dự thảo Thông tư quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí thẩm định cấp phép thăm dò, khai thác, sử dụng tài nguyên nước và hành nghề khoan nước dưới đất do cơ quan Trung ương thực hiện, VCCI không có ý kiến và hoàn toàn tán thành với dự thảo hiện tại.