Cụ thể, mức phí vé lượt cho xe ô tô dưới 12 chỗ, xe tải dưới 2 tấn và xe buýt là 70.000 đồng/lượt. Xe ô tô từ 12 chỗ đến 30 chỗ, xe tải từ 2 đến 4 tấn có mức phí là 90.000 đồng/lượt. Xe ô tô từ 31 chỗ trở lên, xe tải từ 4 đến 10 tấn mức phí là 140.000 đồng/lượt. Mức phí của xe tải từ 10 đến 18 tấn, xe container 20 feet là 180.000 đồng/lượt. Xe tải từ 18 tấn trở lên, xe container 40 feet mức phí là 240.000 đồng/lượt. Ngoài vé lượt, Trạm thu phí cũng thực hiện vé tháng, vé quý; đồng thời miễn giảm 100% cho phương tiện của người dân trong phạm vi thị trấn Lăng Cô (Thừa Thiên Huế).
Theo ông Lưu Xuân Thủy (Phó Chủ tịch Thường trực HĐQT Công ty cổ phần Đầu tư Đèo Cả), trước đây, Trạm thu phí Nam Hải Vân được Thủ tướng Chính phủ chấp thuận thành lập trạm để thu phí hoàn vốn cho hầm Hải Vân tại văn bản số 70/TTg-KTN ngày 12/1/2016. Tuy nhiên, phía Bắc hầm Hải Vân (cách trạm Nam Hải Vân khoảng 12km), Bộ Giao thông Vận tải cũng bố trí trạm thu phí dự án BOT hầm Phước Tượng – Phú Gia. Do khoảng cách giữa hai trạm quá gần, dẫn đến nhà đầu tư hạng mục hầm Hải Vân dù đã hoàn thành việc nâng cấp, sửa chữa hầm Hải Vân 1 từ tháng 8/2017 nhưng đến nay chưa thực hiện triển khai thu phí tại trạm Nam Hải Vân như hợp đồng đã ký.
Để giải quyết bất cập trên, Bộ Giao thông Vận tải đã lựa chọn phương án sử dụng chung trạm Bắc Hải Vân thực hiện thu phí hoàn vốn cho hầm Phước Tượng – Phú Gia và dự án hầm đường bộ Hải Vân; trong đó ưu tiên hoàn vốn cho hầm Phước Tượng – Phú Giá, phần còn lại được chia sẻ cho hầm Hải Vân.
Mới đây, tại công văn số 8543/BGTVT-ĐTCT ngày 10/9/2019 về nội dung điều chỉnh mức thu phí dịch vụ sử dụng trạm thu phí Bắc Hải Vân, Bộ Giao thông Vận tải cho biết, theo hợp đồng ký ngày 13/3/2019 giữa Bộ với Nhà đầu tư và Doanh nghiệp dự án, Trạm thu phí Bắc Hải Vân thu phí hoàn vốn cho hầm đường bộ Hải Vân và hầm đường bộ Phước Tượng – Phú Gia với mức thu phí giai đoạn 2019 – 2020 là 90.000 đồng/xe loại 1/lượt.
Bộ Giao thông Vận tải cho rằng, mức thu này phù hợp theo Thông tư 60/TT-BGTVT ban hành ngày 21/12/2018 (sửa đổi Thông tư số 35/2016/TT-BGTVT, quy định chung mức phí áp dụng cho hầm ngang bằng mức phí cầu, đường bộ). Mức phí quy định tại Thông tư 60 đã xem xét đến tính đặc thù của công trình hầm đường bộ là công trình có tổng mức đầu tư lớn, đòi hỏi độ phức tạp về kỹ thuật.
Tuy vậy, ngày 22/8/2019, Công ty cổ phần Đầu tư Đèo Cả đã gửi văn bản tới Bộ Giao thông Vận tải đề xuất mức thu là 70.000 đồng/xe loại 1/lượt (thấp hơn quy định trong hợp đồng), thực hiện từ ngày 27/9. Ông Lưu Xuân Thủy cho biết, mức này thấp hơn mức phí quy định tại hợp đồng dự án bởi nhà đầu tư cân nhắc mức thu phí dịch vụ để hài hòa lợi ích của Nhà nước, nhà đầu tư và người dân.
Từ 2005 đến nay, công trình hầm Hải Vân đã đón gần 29 triệu lượt xe qua hầm, góp phần rất lớn vào sự thông thương hàng hóa, giảm thiểu tai nạn, thúc đẩy phát triển kinh tế vùng, kinh tế của cả nước. Bên cạnh đó, Dự án mở rộng hầm lánh nạn Hầm đường bộ Hải Vân thành hầm chính với tổng chiều dài hơn 12,6 km, với tổng mức đầu tư hơn 7.000 tỷ đồng sẽ thông xe vào tháng 10/2019 và dự kiến hoàn thành, đưa vào khai thác năm 2020.